1、bowtie2比对时可以设置日志文件，命令行最后加上' > log '
2、bowtie2参数 ' -u ' 只比对前<int>个reads或者pairs，如 '-u 10000'则比对的是前10000行的序列
3、需要安装一些HiCPro相关的一些python包，直接找到官网，下载适应自己系统的压缩包，然后使用 'pip install 压缩包路径' 就可以安装了
具有setup.py的软件安装
于setup.py所在目录下打开终端输入以下命令：
$ python setup.py install
R包和python包信息查询
R
1、installed.packages() 可查看已安装的所有包信息
2、help(package="ggplot2") 可查看特定包信息
Python：pip list
linux终端的python2和python3环境自由切换！
采用update-alternatives 切换版本
1、打开终端：Ctrl+Alt+T
2、查看update-alternatives的帮助信息：update-alternatives --help
3、查看有没有python可选项：update-alternatives --display python
4、如果没有，输入下面的命令建立python可选项
$ sudo update-alternatives --install /usr/bin/python python /usr/bin/python2.7 2
$ sudo update-alternatives --install /usr/bin/python python /usr/bin/python3.5 1
5、切换python版本：
sudo update-alternatives --config python
6、希望删除某个可选项：sudo update-alternatives --remove python /usr/bin/python2.7
