很多同学跑 WB,默认目标蛋白就该是干干净净单一条带,一旦跑出多条带,第一反应就是抗体不行、实验翻车。但其实多条带分两种:蛋白本身真实存在的条带,和实验引入的非特异性杂带,处理思路完全不一样。
一、生物学本身自带多条带
可变剪接异构体(Isoform) 同一个基因通过 mRNA 选择性剪切,翻译出不同长度的蛋白。抗体识别的抗原区段刚好在共有区域,就会同时检出多条带。优先去 UniProt 查该蛋白的 isoform 信息,核对分子量是否匹配文献报道。
翻译后修饰糖基化、磷酸化、泛素化等修饰会改变蛋白电泳迁移位置。典型如糖基化常表现为主带上方弥散 / 多条带;泛素化常呈现阶梯状条带。部分蛋白还有前体蛋白和成熟切割活化形式,两条带都有生物学意义。
多聚体,还原不充分 样品中 DTT/β- 巯基乙醇不足、还原剂失效、煮样不充分,二硫键没有完全打开,蛋白形成二聚体、三聚体,常在主带 2 倍、3 倍分子量位置出现清晰条带。
二、实验操作导致的杂带(需要优化条件消除)
1、蛋白降解(最常见) 裂解、取样过程内源蛋白酶切割目的蛋白,多出的条带一般在主带下方、低分子量区域,常伴随拖尾。
对策:全程冰上操作,裂解液新鲜添加蛋白酶抑制剂,样品分装 - 80℃,避免反复冻融。
2、抗体特异性不足 多克隆抗体更容易识别同源蛋白、非目标蛋白;一抗浓度太高、孵育时间过长、封闭不充分、洗膜不到位,都会加重非特异结合。
对策:降低一抗浓度、缩短孵育时间、增加 TBST 洗膜频次;有条件用 KO 细胞 / 空载对照验证,也可以用抗原多肽封闭验证条带真伪。
3、上样量过载 蛋白上样太多,信号溢出,非特异结合被放大,杂带全部显出来。优先减少上样量再试一次。
4、其他污染 二抗交叉反应、缓冲液污染、膜封闭液变质,也会带来全泳道统一位置的杂带。
三、给大家一个简单的排查顺序(很实用)
先查文献、UniProt:确认这个蛋白本身是否报道有多条带、异构体、修饰条带;
做对照:空载 / KO 细胞样本,如果这条带消失,就是特异性目的条带;KO 组依然存在,属于杂带;
样品验证:补加足量还原剂、充分煮样,看高分子多聚体条带是否消失;
优化制样:加抑制剂、冰上裂解,判断是不是降解;
最后再优化抗体、封闭、洗膜条件。