highlights（一）
1. wedge highlights
高亮是一种特殊的轨迹类型，用于高亮显示图形区域
高亮是定义在 <highlights> 块中，其图形与 <plots> 块不同之处在于
- 高亮显示在任何网格和其他数据的下方
- 高亮可以自动锁定在
ideograms的径向范围内
事实上，高亮可以在图像的任何位置绘制彩色切片，这些切片包括半径的起始/终止，基因组位置的起始/终止。
使用高亮可以突出基因组区域，指定区域的模糊，甚至可以以同心圆的方式绘制另一个物种的 ideograms
如果要在数据上方高亮，可以在 <plot> 块中设置 type=highlight
1.1 wedge VS ideograms 高亮
wedge 高亮具有灵活的径向起始开始位置，由 r0 和 r1 定义
ideograms 高亮是突出显示在其内部，如果绘制了条带，会出现在条带的上方
1.2 定义高亮
高亮需要在外部文件中定义，必须至少包含 3 个字段，第 4 个可选字段定义每个高亮的格式
例如，一个简单的高亮文件可能包含诸如
# genes.txt
...
hs1 1298972 1300443
hs1 1311738 1324571
hs1 1397026 1421444
hs1 1437417 1459927
...
在 <highlights> 块中定义高亮格式，以及文件
在下面的例子中，使用的高亮数据文件 genes.txt，使用的是基因转录区域定义的高亮，在图中绘制了 3 遍
<highlights>
z = 0
fill_color = green
<highlight>
file = data/3/genes.txt
r0 = 0.6r
r1 = 0.8r
</highlight>
<highlight>
file = data/3/genes.txt
r0 = 0.7r
r1 = 0.75r
z = 5
</highlight>
<highlight>
file = data/3/genes.txt
r0 = 1.1r
r1 = 1.15r
fill_color = blue
stroke_color = dblue
stroke_thickness = 2
</highlight>
</highlights>
首先，所有高亮设置都是在 <highlights> 块内，每个 highlight 都可以设置其自己的参数
这些参数的优先级是依次升高为
<highlights><highlight>- 数据文件
因此，如果在数据文件中定义的高亮格式为红色填充色，那么这个值将会覆盖在<highlights> 块或 <highlight> 块中设置的其他填充颜色
1.3 高亮径向位置
你想要控制的高亮，主要是通过径向位置的起始和终止位置
通常设置是 r0（内径）和 r1（外径）两个参数
这两个参数的相对大小(r)是相对于 ideogram 的半径，绝对大小距离图片中心的是像素点(p)大小
相对径向位置能够根据图像的尺寸自动调整，如
r0 = 0.5r
r1 = 0.75r
将突出显示径向位置设置为内部 ideogram 半径的 0.5-0.75
如果 r0,r1 > 1，高亮将会显示在 ideogram 外部
也可以混合相对值和绝对值
r0 = 0.5r
r1 = 1r-25p
会从 ideogram 半径的 50% 一直绘制到 半径 - 25 个像素的位置
当你希望以不同比例显示图像时，恒定的边距可能比相对大小更有意义
1.4 z-depth
每个高亮是由数据文件的每行指定，表示的是每条染色体上基因组起点和终点位置
高亮是独立绘制的，可以通过指定高亮的 z-depth 值来控制是否优先绘制
事实上，可以为 circos 的每个数据结构指定 z-depth 值，以控制在绘制元素的优先级
在上面的例子中，我们设置了
z = 0
默认值是 0，而在第二个 <highlight> 块中，设置了 z = 5，由于这个块的深度更高，因此它将绘制在第一个 <highlight> 块的上方
而实际发生的情况是，第一个 <highlight> 块先绘制，然后再绘制第二个<highlight> 块，重叠的地方会被覆盖
所以，在图上看到的是第一个 <highlight> 块绘制的绿色高亮中有一小圈红色的高亮
1.5 highlight 格式
下面的参数可以控制高亮格式：
-
r0 -高亮的内径 -
r1 -高亮的外径 -
offset -同时应用于r0和r1的偏移量 -
fill_color -高亮切片颜色 -
stroke_color -高亮边框的颜色，设置了stroke_thickness才绘制 -
stroke_thickness -高亮边框的厚度 -
z -深度值，控制高亮绘制顺序 -
ideogram -切换高亮的位置到ideogram内
2. 高亮参数 —— 嵌入数据文件
下面介绍如何在数据文件中设置高亮参数
2.1 格式化基因列表
使用上面提到的数据 gene.txt，分别为每一行添加随机填充颜色
对于红色的条目，将其径向位置调整为比其他颜色更靠近圆心
对于蓝色的条目，调整参数使其不在圆圈内
hs1 1298972 1300443 fill_color=blue
hs1 1311738 1324571 fill_color=red,r0=0.6r,r1=0.6r+50p
hs1 1397026 1421444 fill_color=green,r0=1.1r,r1=1.15r
hs1 1437417 1459927 fill_color=green,r0=1.1r,r1=1.15r
hs1 1540746 1555847 fill_color=yellow
hs1 1560962 1645635 fill_color=purple
hs1 1624179 1645623 fill_color=grey
类似地，其他高亮参数都可以在数据文件中设置
3. 高亮参数 —— 使用 z-depth
z-depth 能够控制高亮的绘制顺序，如何设置该参数非常重要
3.1 避免阻塞
如果你的图中有大量的不同大小的高亮重叠，则较小的高亮有可能会被大的高亮图形覆盖
为了避免这种情况，建议将 z-depth 参数设置为与 highlight 大小成反比，以便按照降序绘制高亮
1. 先来看看随机高亮数据文件，不设置 z-depth 值
# random.highlights.txt
hs1 1725862 8379128 fill_color=chr7
hs1 4080887 11075336 fill_color=chr8
hs1 5183662 14345280 fill_color=chr10
hs1 10044837 11066617 fill_color=chr1
hs1 10565297 13980978 fill_color=chr4
hs1 11557401 23262460 fill_color=chr13
hs1 12870075 25724192 fill_color=chr15
hs1 13920706 18409477 fill_color=chr5
hs1 25404101 33003848 fill_color=chr8
...
2. 现在我们根据区间大小设置 z-depth 的值：
z = 100-100*size/max(size).
size 为每个区间长度， max(size) 为最大长度
hs1 1725862 8379128 fill_color=chr7,z=68
hs1 4080887 11075336 fill_color=chr8,z=66
hs1 5183662 14345280 fill_color=chr10,z=55
hs1 10044837 11066617 fill_color=chr1,z=95
hs1 10565297 13980978 fill_color=chr4,z=84
hs1 11557401 23262460 fill_color=chr13,z=43
hs1 12870075 25724192 fill_color=chr15,z=37
hs1 13920706 18409477 fill_color=chr5,z=78
hs1 25404101 33003848 fill_color=chr8,z=63
...
从第二条轨迹，也就是内圈，可以看出，有些在外圈被覆盖的区域显示出了颜色
3. 通过设置高亮的径向位置来避免遮挡
通过设置不同的 r0、r1 的值
r0 = 0.4r - 200*k
r1 = 0.4r + 200*k
k = size/max(size)
hs1 1725862 8379128 fill_color=chr7,z=68,r0=0.4r-65.3669p,r1=0.4r+65.3669p
hs1 4080887 11075336 fill_color=chr8,z=66,r0=0.4r-68.719p,r1=0.4r+68.719p
hs1 5183662 14345280 fill_color=chr10,z=55,r0=0.4r-90.011p,r1=0.4r+90.011p
hs1 10044837 11066617 fill_color=chr1,z=95,r0=0.4r-10.0388p,r1=0.4r+10.0388p
hs1 10565297 13980978 fill_color=chr4,z=84,r0=0.4r-33.5584p,r1=0.4r+33.5584p
hs1 11557401 23262460 fill_color=chr13,z=43,r0=0.4r-115p,r1=0.4r+115p
hs1 12870075 25724192 fill_color=chr15,z=37,r0=0.4r-126.289p,r1=0.4r+126.289p
hs1 13920706 18409477 fill_color=chr5,z=78,r0=0.4r-44.1012p,r1=0.4r+44.1012p
hs1 25404101 33003848 fill_color=chr8,z=63,r0=0.4r-74.6659p,r1=0.4r+74.6659p
从最内圈可以看到，不同大小的区域，其径向位置不再固定，层次更加分明。
