精神分裂症的原因更多是遗传因素，这个观点已经比较主流了。
支持的原因是早年的家族史调查研究，双生子、寄养子研究（也就是对寄养子和亲生家人的调查）和近年的基因分析，都发现分裂症有明显的遗传性。
另外也有研究发现没有遗传背景的病人上发现了一些可能致病的新生变异（de novo variation，意思是父母亲都没有的基因型），这些都可以推测分裂症可能是基因的问题。（Xu, B., et al., Exome sequencing supports a de novo mutational paradigm for schizophrenia. Nat Genet, 2011. 43(9): p. 864-8.）
但是目前还未找出确切的致病基因，或者说，有太多致的病基因，但每个变异的效应都非常小。这可能由于分裂症只是一个按现象分类的疾病，其生物学本质可以差异非常大，实际上是一系列异常统称。
另外可能的病因有:
- 神经生化异常
- 大脑结构异常
(以上两项都可以部分的用遗传因素解释) - 子宫感染与产伤
- 神经发育异常假说
- 社会心理因素（这个在大部分教科书上都排在最后,，更多的被看作诱因。）
总括来讲，对这个病，未知的还有好多，连是不是同一个病也很难说。
