原文链接：两组或多组GO/KEGG富集结果气泡图绘制(点击链接)

复现图形

原文图形

图形绘制要点

1. 数据集的准备，GO或KEGG数据结果都可以；
2. 绘图所需数据：x = Rich, y = Descrption, size = count, color = logP, shape = Comparison；
3. 可使用与两个及以上结果，将最终结果在一张图形上展现。

绘图

1. 导入数据

> head(KEGG_dat_long)
# A tibble: 6 × 5
  Descrption              Rich count  logP Comparison
  <chr>                  <dbl> <int> <dbl> <chr>     
1 photosystem I         0.183     15  2.89 Drought   
2 chloroplast thylakoid 0.188      7  1.16 CK        
3 organelles            0.0608     4  2.03 Drought   
4 photosynthesis        0.167      5  1.78 CK        
5 biosynthesis          0.130     14  2.81 Drought   
6 response to ethylene  0.106     20  1.89 Drought 

2. 绘图

ggplot(KEGG_dat_long, aes(x = Rich, y = Descrption, size = count, color = logP, shape = Comparison)) +
  geom_point(alpha = 1) +  # 绘制气泡图
  scale_shape_manual(values = c(16, 17)) +  # 16 是圆形，17 是三角形
  scale_size_continuous(range = c(3, 5)) +  # 调整气泡大小的范围
  scale_color_gradient2(low = "#3793FE", mid = "#b3cde3", high = "red", 
                        midpoint = median(KEGG_dat_long$logP)) +  # Color gradient for log10P
  labs(x = "Rich Factor", y = NULL, size = "Gene Number", shape = "Type", color = "-log10(Pvalue)") +
  theme_test() +
  theme(text = element_text(size = 8),
        axis.text.x = element_text(size = 8, color = "black"),
        axis.text.y = element_text(size = 8, colour = "black"),
        strip.text = element_text(size = 8),
        axis.title = element_text(size = 10),
        legend.position = "right",
        panel.grid.major.x = element_line(size = 0.5, linetype = "dashed", color = "gray"),
        panel.spacing = unit(0.1, "lines"))

[图片上传失败...(image-65d92c-1736825160196)]

图形颜色，可结合自己的需求进行修改。

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