原文链接：两组或多组GO/KEGG富集结果气泡图绘制(点击链接)
复现图形
原文图形
图形绘制要点
- 数据集的准备，GO或KEGG数据结果都可以；
- 绘图所需数据：
x = Rich, y = Descrption, size = count, color = logP, shape = Comparison； - 可使用与两个及以上结果，将最终结果在一张图形上展现。
绘图
- 导入数据
> head(KEGG_dat_long)
# A tibble: 6 × 5
Descrption Rich count logP Comparison
<chr> <dbl> <int> <dbl> <chr>
1 photosystem I 0.183 15 2.89 Drought
2 chloroplast thylakoid 0.188 7 1.16 CK
3 organelles 0.0608 4 2.03 Drought
4 photosynthesis 0.167 5 1.78 CK
5 biosynthesis 0.130 14 2.81 Drought
6 response to ethylene 0.106 20 1.89 Drought
- 绘图
ggplot(KEGG_dat_long, aes(x = Rich, y = Descrption, size = count, color = logP, shape = Comparison)) +
geom_point(alpha = 1) + # 绘制气泡图
scale_shape_manual(values = c(16, 17)) + # 16 是圆形，17 是三角形
scale_size_continuous(range = c(3, 5)) + # 调整气泡大小的范围
scale_color_gradient2(low = "#3793FE", mid = "#b3cde3", high = "red",
midpoint = median(KEGG_dat_long$logP)) + # Color gradient for log10P
labs(x = "Rich Factor", y = NULL, size = "Gene Number", shape = "Type", color = "-log10(Pvalue)") +
theme_test() +
theme(text = element_text(size = 8),
axis.text.x = element_text(size = 8, color = "black"),
axis.text.y = element_text(size = 8, colour = "black"),
strip.text = element_text(size = 8),
axis.title = element_text(size = 10),
legend.position = "right",
panel.grid.major.x = element_line(size = 0.5, linetype = "dashed", color = "gray"),
panel.spacing = unit(0.1, "lines"))
[图片上传失败...(image-65d92c-1736825160196)]
图形颜色，可结合自己的需求进行修改。
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