ITOL是Interaction Tree Of Life（网址：http://itol.embl.de/）的简称，它是一个集在线展示、注释和管理进化树的交互工具。绘图过程中可以随意调整树枝、标签的颜色、形状和字体。而iTOL最大的特点是可以同时展示不同的数据集，并按照个性化的需求控制数据集的位置、大小和颜色，并允许导出高质量的位图和矢量图。
在上一篇帖子中，我们利用MEGA完成了系统进化树的构建，但是不够美观，ITOL可以完成这部分工作。
7.1 GWAS：系统进化树——MEGA - 简书 (jianshu.com)
1. 注册登陆
首先注册一个ITOL账户，这样美化的图会存在线上账号里，防止丢失。
2. 输入文件
输入文件分为两部分，第一部分为原始的进化树文件，第二部分为注释文件：
- 原始进化树文件：可以识别Newick、Nexus、PhyloXML、Text和Jplace等格式的纯文本文件（plain text files），比如MEGA等软件输出的Newick文件，这里以上一步生成的.nwk文件为例。
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注释文件：可以从ITOL官网下载19种注释模板，模板内容包含分支颜色，宽度和样式等，还可单独调整的标签字体，大小和样式。之后，根据自己的数据对模板进行修改，从而获得注释文件。
3. 导入输入文件
4. 进化树美化
点击项目名称，进入进化树调整界面：
基础调整：调整进化树的形式（普通进化树、圆形和无根树）、标签、分枝的粗细颜色等。
高级调整Advanced：主要用于调整树枝顺序、长度，Bootstrap的显示形式等。
调整标签背景颜色：显色范围可以选择Label标签、Clade分枝、Full全部、Off不显示。
调整分支颜色和类型：选中分支，更改整个分支或单个分支的颜色、实线或虚线、线的宽度。
调整标签：选中分支，更改整个分支或单个分支标签的字号、颜色、加粗、斜体等。
5. Datasets
具体的示例数据可以看下载中的sample。
进化树 + 柱形图（Simple bar charts ）：
进化树 + 堆叠树形图（Multi value bar charts ）：
进化树 + 堆叠树形图（Pie charts）：
进化树 + 文本标签（Text labels）：
进化树 + 分支符号（Branch symbols）：
进化树 + 热图（Heatmaps）：
进化树 + 蛋白质结构域（Protein domains）：
进化树 + 多序列比对（Multiple sequence alignments）：
6.进化树导出
Export导出进化树，支持三种格式，vector矢量图、bitmap位图、text树文件。
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