doi： 10.1186 / s13046-019-1254-4
背景
发现部分上皮间质转化（p-EMT）在人头颈部鳞状细胞癌（HNSCC）转移的初始阶段起潜在作用。据报道，一些长的非编码RNA（lncRNA）可以作为癌症转移的启动子或抑制剂。这项研究旨在鉴定HNSCC中与p-EMT相关的lncRNA。
方法
使用“ edgeR”软件包，筛选出获自癌症基因组图谱（TCGA）的HNSCC中差异表达的lncRNA（DE-lncRNA）和mRNA（DEG）。使用“ limma”软件包筛选了口腔鳞状细胞癌（OSCC）lncRNA微阵列数据集GSE84805中的DE-lncRNA 。通过Pearson相关分析（Searson相关系数|≥0.4，p <0.01）（基于TCGA）。使用“生存”软件包对重叠的DE-lncRNA进行生存分析。GO和KEGG）途径富集分析用于预测MYOSLID的潜在功能。RT-qPCR和原位杂交（ISH）用于探讨MYOSLID在HNSCC标本中的表达及其临床意义。免疫组织化学染色，siRNA，伤口愈合测定，transwell测定和western印迹用于探索生物学功能和潜在的分子机制。
结果
MYOSLID被鉴定为Slug相关的lncRNA，在9个重叠的DE-lncRNA中具有预后价值。GO和KEGG分析表明，MYOSLID与调节癌症转移的重要生物学过程和途径密切相关。基于TCGA和HNSCC组织微阵列数据的单因素和多因素Cox回归分析结果表明，MYOSLID是独立的预后因素。HNSCC中的MYOSLID表达与Slug，PDPN和LAMB3密切相关。与对照细胞相比，在OSCC细胞系中MYOSLID的敲低显着抑制了细胞的迁移和侵袭。另外，敲低MYOSLID显着降低了Slug，PDPN和LAMB3表达水平。但是，敲低MYOSLID对EMT生物标志物E-cadherin和Vimentin的表达水平没有影响。
结论
我们的研究表明，MYOSLID表达与HNSCC中的p-EMT程序密切相关，它可能是侵袭性HNSCC的新预测生物标志物。
利用TCGA和GEO数据库整合的数据分析差异表达的lncRNA
通过生物信息学分析进行MYOSLID筛选和目标基因预测。TCGA的HNSCC中DE-lncRNA和DEG的火山图。b来自GEO的HNSCC中DE-lncRNA和DEG的火山图。c TCGA，GEO和与Slug相关的DE-lncRNA共有的DE-lncRNA和DEG的维恩图。d根据TCGA数据对MYOSLID进行预后分析。通过基于TCGA数据计算Pearson相关系数来执行e - g目标基因预测
GO和KEGG分析
基于TCGA数据的MYOSLID相关mRNA的GO和KEGG途径富集分析。a和b富集的GO项图MYOSLID相关mRNA的富集分析。Y轴表示丰富的GO项；X轴（a）代表以GO术语富集的MYOSLID相关mRNA的量；X轴（b）代表以GO术语富集的MYOSLID相关mRNA的比例。b，c和d KEGG途径的图KEGG途径对MYOSLID相关mRNA的富集分析。Y轴代表路径；X轴（c）代表KEGG途径中丰富的MYOSLID相关mRNA的量；X轴（d）代表在KEGG途径中富集的MYOSLID相关mRNA的比例。每个气泡的颜色和大小分别表示富集意义和GO术语或途径中富集的MYOSLID相关mRNA的数量。p <0.05用作选择GO和KEGG项的阈值。GO，基因本体论；KEGG，《京都基因与基因组百科全书》
MYOSLID在新鲜OSCC组织标本和OSCC细胞系中的表达
在OSCC标本和细胞系中MYOSLID表达的验证。一个MYOSLID表达在15个成对OSCC组织和相邻的正常粘膜RT-qPCR的验证; 使用简单的t检验来检验两组之间差异的显着性，p <0.05。b在HNSCC基因芯片检测中MYOSLID表达的生存分析，p <0.05。c MYOSLID在4个OSCC细胞系中的表达。d靶向MYOSLID序列的siRNA序列。e沉默MYOSLID对p-EMT相关标志物mRNA表达水平的影响。˚F -摹4种OSCC细胞系中的经典EMT标记物和p-EMT标记物蛋白水平。siRNA-1指MYOSLID-homo-96，而siRNA-2指MYOSLID-homo-323
评价人类HNSCC组织微阵列中MYOSLID表达的临床意义
MYOSLID和p-EMT调节剂在人HNSCC组织微阵列中的表达及其临床意义。ah OSCC和DYS组织中MYOSLID ISH和Slug，PDPN，LAMB3 IHC的代表性图像（上图：放大倍数×100，下图：放大倍数×400）。IL MYOSLID，蛞蝓，PDPN的Histoscore和在OSCC组织LAMB3和DYS基。进行t检验以发现显着差异。P <0.05被认为是显着的。 OSCC组的 MYOSLID（t = 3.271 ，p <0.0014）和PDPN（t = 4.866，p <0.0001）的表达明显高于DYS组。mp进行单向方差分析以确定在不同阶段MYOSLID，Slug，PDPN和LAMB3表达的差异。结果表明，MYOSLID表达与临床晚期有关（F = 6.701，p = 0.002）。qs计算皮尔逊相关系数以确定MYOSLID，Slug，PDPN和LAMB3之间的相关性。p <0.05被认为是显着的
MYOSLID对OSCC细胞系侵袭和转移的影响。
一个MYOSLID对Cal27的细胞迁移，如通过伤口愈合测定法来确定。在0、24、48小时分别放大2个siRNA组和阴性对照组的伤口愈合检测图像（放大倍数，×10）。条形图表示每组3次实验重复的平均治愈率。b通过transwell分析确定MYOSLID对细胞侵袭的影响。siRNA组和阴性对照组的代表图像在48小时后拍摄（放大倍数，×20）。条形图表示通过涂有Matrigel涂层的过滤器的平均细胞数。每组进行三个重复的实验。C蛋白质印迹结果表明，敲低Cal27细胞系中的MYOSLID会导致p-EMT相关标记Slug，PDPN和LAMB3蛋白水平显着下调，但经典EMT相关标记E-钙粘蛋白和波形蛋白的蛋白水平保持不变。“ *”表示有两个样本的t检验表明具有统计学意义。p <0.05被认为具有统计学意义。结果表示为平均值±SEM（n = 3）。siRNA-1指MYOSLID-homo-96，而siRNA-2指MYOSLID-homo-323
