在华北平原,活跃着一支抗日队伍,抗战爆发后,马本斋把家乡人民组织起来。组成抗日义勇队。打击日军。此后,抗日义勇队改编为冀中军区回民教导总队。后又改编为回民支队。回民支队与日军作战870次,歼敌3.6万人,被毛主席称为百战百胜的回民支队,被八路军冀中军区誉为“无攻不克,无坚不摧,打不垮,拖不烂的铁军
日军甚至下令,低于一百人不准出据点。可以见得马本斋的威慑力。
他没能看到抗战的胜利,因病于1944年逝世,年仅四十二岁,毛主席题词“马本斋同志不死。”朱总司令,“母子英雄,两代模范”,林伯渠、李鼎铭共挽“率大军抗日寇,远近播英名,冀鲁豫山河增色;奉教义承母志,生死矢忠贞,伊斯兰健儿典型”。
他战斗的地方被命名为本斋回族自治乡。他的家乡被命名为本斋村。