1.官网下载压缩包
wget http://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/current/sratoolkit.current-centos_linux64.tar.gz
2.解压缩
tar xzvf sratoolkit.current-centos_linux64.tar.gz
mv sratoolkit.2.9.2-centos_linux64 ~/local/app/ #移动到指定文件夹
cd ~/local/app/ #进入本地程序安装路径
mv sratoolkit.2.9.2-centos_linux64 sratoolkit #去掉版本号是为了避免因升级而需要修改配置文件
3.配置条件
cd xxx/xxx/sra_toolkit/bin #进入路径bin下
./ vdb-config --interactive #开始配置条件（一定要记得 ./ ）
#配置为如图所示
然后按下s保存信息退出
输入fastq-dump #查看配置是否成功
4.添加环境变量
vi ~/.bashrc #用vi/vim编辑器修改bashrc文件
i #由command line进入insertionline
exportPATH=$PATH:/home/urname/local/app/sratoolkit/bin
ESC, :wq #退出vi编辑器并保存文件
source ~/.bashrc #让配置生效
export PATH=$PATH:/home/urname/local/app/sratoolkit/bin #临时使用环境
5.下载二代数据
prefetch SRRxxxxxx #开始下载二代数据
6.双端测序拆分
fastq-dump --split- files --gzip SRR824846 #对SRR文件进行拆分，得到两个fastaq格式的压缩包
参考
