背景知识

hgu133plus2.db
1.注释包的作用：基因芯片给出的分析结果都是针对芯片探针组的，每个探针组只有一个公司自己定义的ID，既没有序列信息，也不知道来自于该物种的哪条基因，因此需要在注释包的帮助下对芯片处理结果进行注释。
2.注释包的组成：构建一个完整的芯片注释信息通常需要三个包，它们有统一的命名方式，例如Affymetrix公司的人类基因组表达芯片hgu133plus2（型号），其对应的三个注释包是hgu133plus2.db、hgu133plus2cdf和hgu133plus2probe。实际使用时，主要用“.db”那个包。

代码如下

> options("repos"="https://mirrors.ustc.edu.cn/CRAN/")#设置镜像
> if(!require("BiocManager")) install.packages("BiocManager",update = F,ask = F)#意思是，如果没有安装BiocManager包，那就安装BiocManager。、.
> options(BioC_mirror="https://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/")
> cran_packages <- c('tidyr',#包里的主要函数gather和spread数据长宽变，separate和union列的切割和合并
+                    'tibble',#高效的显示表格数据的结构
+                    'dplyr',#数据清理
+                    'stringr',#一个字符串处理工具集
+                    'ggplot2',#画图
+                    'ggpubr',#画图
+                    'factoextra',#主成分分析
+                    'FactoMineR') #主成分分析
> Biocductor_packages <- c('GEOquery',
+                          'hgu133plus2.db',
+                          "KEGG.db",
+                          "limma",
+                          "impute",
+                          "GSEABase",
+                          "GSVA",
+                          "clusterProfiler",
+                          "org.Hs.eg.db",
+                          "preprocessCore",
+                          "hugene10sttranscriptcluster.db",
+                          "enrichplot")
> for (pkg in cran_packages){
+   if (! require(pkg,character.only=T) ) {#它只接受字符串值，它可以接受一个字符串变量；但是第一种不能识别字符串变量。
+     install.packages(pkg,ask = F,update = F)
+     require(pkg,character.only=T) 
+   }
+ }#以上是向量的形式安装包
###############################################
> for (pkg in Biocductor_packages){
+   if (! require(pkg,character.only=T) ) {
+     BiocManager::install(pkg,ask = F,update = F)
+     require(pkg,character.only=T) 
+   }
+ }#cran和bioconductor安装包的形式不一样
##################################################
> #前面的所有提示和报错都先不要管。主要看这里
> for (pkg in c(Biocductor_packages,cran_packages)){
+   require(pkg,character.only=T) 
+ }#对所有的包进行加载