课后补充--高精度华大数据的细胞注释与邻域分析

作者,Evil Genius

我们的课程过半了,不知道大家学的如何了?

如果手上已经有了空间数据,花费了很多经费了,就赶紧分析分析,发的越早,IF越高,现在都很卷了,拖不起。

这一篇我们来进行高精度华大数据的注释与邻域分析。

所谓高精度,有两种,一种是华大的bin为20/30(低于50),一种是华大的细胞核分割数据,不过目前核分割丢失信息量太多,所以需要慎重。

那么对于bin30的华大数据,如何注释?而且数据要达到分析的标准,基因数不能太低。

那么如何注释呢?

就是之前提到的双pattern模式。

后续的niche分析也在双pattern的模式上进行。

那么在这种思路下,空间细胞类型的关系问题就演化成了两层pattern的细胞关系问题。

最后,附上模式下分析细胞niche的分析代码

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