你问我为啥标题这么长，据说是关键词给的多，容易被搜到。
写得不好，不用海涵，直接提出，谢谢您呐~
1. 前言：
没错，作为一个自以为入门了的人其实还在门外。
根据达克效应图解，充分的认识到了我还在无知（know-nothing）的阶段。
2. 知识点：
（1）参考基因组和注释文件
参考基因组：官方解释--字面意思，用来参考的标准基因组（一时半会不能理解），就是长长的基因序列。
基因注释文件：字面意思，即给不同的序列，标注对应的基因名。
我的想法：参考基因组就像是人类的基因“地图”，不同的基因有不同的序列和位置，就好像不同的地理位置有自己不同的特征（序列）和经纬度坐标。而注释文件，就好像是地图上标注好的地名。
只有在电影里面看到军事打击才会用坐标（经纬度），而我们普通人就说是地名，毕竟别人问你你家在哪儿的时候，你说我家在东经140维度23？
所以，为了方便人类观看和交流，对于基因的注释是非常重要的。
（2）让人迷乱的各种ID
相信你一定在不同的地方多次看到过各种ID，例如：ensembl ID，gene ID，gene name，gene symbol 等等。种类繁多到让人迷乱。
简单介绍一下，ensembl ID的由来是因为，这个ID系统是ensemble平台在用的呀；gene id貌似是NCBI在用的。可见，不同的平台，都有自己的命名系统。为了方便大家交流，大家规定了基因的官方名字：gene symbol。
所以--下载参考基因组和注释文件，一定要在同一个平台上下载。
比如：在ensembl上下载参考基因组，注释文件也要在ensemble上下载。保持来源的一致，在做比对的时候才不容易出错呀。
（3）什么是ensembl、NCBI、UCSC平台--作业，自己查去~
为啥我要列举出这几个平台？因为会用到啊！这是最基本的自学能力了，所以我就不罗列这些是神马东西了，说得再好，还不如自己往官网上走一波。就算现在不去逛，将来还是有得要跑的。
3. 踩坑集合：
百说不如一做，做了就会出错，错了不是坑自己就是坑别人；
经验都是在挖坑和填坑的过程中积累的，自己挖的坑，跪着也要填上；
1st 大部分的坑都源于自己的无知
刚开始我不会下载ensembl数据，然后我偷懒去UCSC上下载了基因组，再在ensembl上面下载了注释，最后。。。
ensembl介绍
ensembl是通过ftp协议可以下载的，ftp是个什么协议，算了你不要管了，大概就是一个网盘，然后每个文件都有自己的链接，你可以通过wget+链接的命令直接下载（其实就是省去了右键--复制链接地址--打开迅雷粘贴地址--开始下载的步骤）。干嘛！这么较劲，就是能下载就行了，不要问为啥碗可以拿来吃饭，重点是吃饭，不是为啥吃饭要用碗，知道不？
ftp ensemble : https://asia.ensembl.org/info/data/ftp/index.html
2st 实力坑队友
那么问题来了，我是怎么坑的队友呢？如果你没有一个好脾气的队友，请不要轻易尝试，好好学习保平安。如果你是一个好脾气的队友，也尽量远离我这样的SUPER BUG。
算了，我还是不写了，反正也不差多坑几个人。没错，今天的踩坑集合只有2个，因为我今日份的反省还没做，拜拜~
感谢洲更
