二十年前，玉帝之女三圣母思凡下界，与人类书生结合，诞下一子沉香。此事传到天庭，天帝震怒，命令二郎真君下界降服三圣母，捉拿沉香。三圣母见状，手持宝莲灯大战真君，打得真君狼狈不堪。就在此时，哮天犬偷袭抓住了襁褓中的沉香。三圣母为救沉香，首尾难顾，结果被真君的三眼金光偷袭，丢了宝莲灯，压于华山之下，永世不得翻身。但慈母之举也让沉香逃离了真君的魔爪，隐于人世之间。

真君获得了宝莲灯之后，虽未能开启宝莲灯，但宝莲灯的威名赫赫，已经让民间各路神祇、妖怪、君王臣服，纷纷视二郎神为天帝在人间的代言人，为其修建庙宇，铸造金身。将百姓搞得是民不聊生。由于宝莲灯不再发出光芒，慑于光芒的魑魅魍魉纷纷来到人间，为祸四方。百姓对二郎神的统治敢怒不敢言，只得私下传颂一句谶语：宝莲灯，炼神斧，劈开山，救圣母。谶语一出，二郎神寝食难安，愈发暴虐，他下令民间的神官土地，寻找沉香，斩草除根。

这日，真君宝库被偷。一小神仙麻晕了贪吃的看门狗：哮天犬，盗走了宝莲灯，私自下界。二郎神得知，雷霆震怒，命令哮天犬追回宝莲灯，否则将其烹了下火锅。

人间，五岳山，大王阿龙正率领着众贼，打家劫舍。可大环境不好，强盗也内卷严重，路过五岳山的人不是比自己还穷的饥民，就是已经被洗劫得比脸还干净的商人。山贼的日子过得举步维艰，甚至连饭都吃不上，山寨中时不时有人离职，放弃这毫无前途的行业。这一切让阿龙倍感苦恼，沮丧。他空有一身神力和聪明的脑袋，居然英雄无用武之地。他每天给二郎神上香叩拜，祈求神仙给他一富翁劫持一下，好让他解决燃眉之急，让兄弟们饱腹一顿。

这一天，他的祈祷终于灵验了。山下过来一衣着华丽的富商。阿龙见状，带领众人下山。但等到下山之时，哪有什么富商，有一盏宝莲灯，还有一只膘肥体壮的狗。这只狗正要挑衅阿龙，叼走宝莲灯，被阿龙用神力给敲晕了，和宝莲灯一起运回了山寨，饥肠辘辘的众贼打算拿狗开开牙祭。

阿龙看到了宝莲灯，又一次想起了自己最近做的奇怪的梦：自己拿着宝莲灯，被一巨大的神灵追赶。

阿龙打开了宝莲灯灯盖，宝莲灯里面钻出一灯神出来，灯神本想向阿龙打听沉香的下落，现在只有沉香能点亮这神灯。可阿龙更关心的是这宝灯如何解决山寨吃饭问题，他从知识渊博的师爷那边得知，这灯可能是阿拉丁神灯，只要许愿就能满足主人愿望。于是，阿龙和众山贼逼着灯神实现自己的愿望，但灯神压根无法满足沉香的无理要求，差点触怒了众山贼，阿龙见状威胁灯神，欲砸了宝灯。情急之下，灯神施展法术，抢过宝莲灯，跑路。这荒诞的一幕引起了山寨骚动，阿龙虽然最后抓住了灯神，但也搞得两败俱伤。这场骚乱也惊醒了哮天犬，哮天犬变成巨犬，欲吃掉阿龙，抢走宝莲灯。阿龙情急之下握住了宝莲灯，朝哮天犬砸过去，电光石火，宝莲灯居然射出一道光，射“瞎了”哮天犬。等哮天犬恢复视力，阿龙已经不见了，灯神救走了阿龙。

灯神告诉阿龙，他要找的沉香就是他，他就是三圣母的儿子。而阿龙梦中见到那个神就是邪恶的二郎神。灯神告诉阿龙事情的前因后果，表示二十年前是自己偷偷将其藏在了五岳山，现在过来找沉香，就是想训练沉香，让沉香拿到劈山斧，劈山救母，解救万民于水火。沉香对此半信半疑，但他志不在此，也不想搅入这神仙乱斗。他一心想的是守护山寨，保护自己的兄弟。于是，他扔了宝莲灯，设计摆脱了灯神，前往山寨，想看看兄弟们现状如何。

回到了山寨，眼见兄弟们安然无恙，他内心激动，号召兄弟重拾山寨，重新开业。就在这时，阿龙却意外发现兄弟们居然是狗变的，山寨也是哮天犬幻化出来的幻境。原来的一切都被这条恶狗化为了灰烬。此时的阿龙正处于天罗地网中。就在此危急时刻，灯神出现，设计从狗狗中救下了阿龙。

阿龙见山寨和兄弟已经葬身火海，怒火中烧，决定复仇。他祈求灯神训练自己，自己愿意做灯神所说的沉香，劈山救母。灯神将沉香带入了宝莲灯中的世界，进行训练。

二郎神从哮天犬处得知了沉香下落，但又听说灯神救走了沉香，又一次将怒气洒在了哮天犬上，要哮天犬继续寻找沉香下落，一有消息告诉自己。

沉香在灯中世界刻苦训练，终于能完全施展身体中的神力。灯神告诉沉香，想要劈山救母，就必须用天火淬炼出天斧。只有天斧才能劈开华山。

沉香为此带着灯和灯神去寻找天火。两人终于在昆仑山打败了守护天火的怪兽，盗出了天火。天火点燃了宝莲灯，宝莲灯灯光驱散了大地的阴霾，无数为二郎神服务的魑魅魍魉都被光芒射得烟消云散。与此同时，光芒照亮了沉香沉睡已久的记忆，他明白自己是谁，更明白自己的使命是什么。光芒照射大地，惊动了二郎神。二郎神明白沉香已经找到了火种，也朝昆仑山走来。

沉香和灯神拿着火种上路，刚出昆仑山，就被二郎神拦住了。二郎神告诉沉香，乖乖听自己的话，他会像放过自己母亲一样放过沉香，将沉香压在山下，否则就会让沉香灰飞烟灭，毕竟人斗不过神。说罢，梦境中那一幕在现实中出现了，二郎神施展了法天象地之法，袭击沉香，沉香欲用宝莲灯对付二郎神，但被二郎神给压制住了，就连天火的火苗都被其灭了。沉香顿时陷入了绝望。就在这时，灯神勇敢站出来，保护沉香，对抗二郎神。沉香发现他的真身居然跟二郎神长得一模一样。灯神告诉沉香，自己才是他的舅舅，要沉香赶快逃走，自己不会让沉香像自己妹妹一样被压在山下。

沉香无奈，持灯逃走，躲入了灯内。灯中，他发现灯神留给自己的信。原来灯神是人性的二郎神：杨戬。他一直懊悔二十年前，自己将妹妹藏身之所，告诉给神性的二郎神，二郎神为了获得天庭的信赖，出卖了自己和妹妹，夺走了宝莲灯，还将妹妹压在了华山之下，让沉香母子两地分离。这次听说二郎神要对沉香下手，他决定不再软弱，于是盗了宝莲灯，来到人间，他想找到外甥，利用宝莲灯，淬炼天斧，救出妹妹，让三圣母母子团圆。信中，他还告诉沉香，为什么二郎神和天庭要抓走沉香，因为沉香心中有他们没有且惧怕的东西，而这种东西就是勇气和爱。并将自己盗的小火种，送给沉香，让其用此淬炼天斧。

沉香终于通过这枚火种淬炼成了天斧，手持天斧来到华山。此时，二郎神已经等候多时，他并没有杀死自己人性的一面，他想用杨戬来换取天斧。但杨戬不希望沉香为自己做出牺牲，于是想与神性的自己同归于尽。不料，二郎神却牺牲了哮天犬阻挡这次袭击。二郎神愤怒不已，欲杀死自己的人性，沉香为了救舅舅，手持利斧对抗二郎神。虽然沉香救下了杨戬，手中的利斧却被二郎神三眼金光射中，化为了碎片。二郎神嘲笑沉香犯了他母亲一样的错误，心慈手软，如果当年他不放弃救沉香，她就能逃脱，而现在沉香也一样。

可话音刚落，雪花碎片落在了沉香身上，融入了沉香的体内，体内烈焰升腾，沉香从胸中操出一把赤炎利斧，劈向了二郎神，二郎神灰飞烟灭。瞬时间，二郎神所有装备回归到了杨戬的身上，杨戬成为了新的二郎神。

消灭了二郎神，沉香用斧头劈开了华山，救出了母亲。