题目: Screening key genes for abdominal aortic aneurysm based on gene expression omnibus dataset
DOI: https://doi.org/10.1186/s12872-018-0766-8
数据集: GSE7084, GSE47472, GSE57691
样本:
GSE7084: 7 AAA, 8 normal
GSE47472: 14 AAA, 8 normal
GSE57691: 49 AAA, 10 normal
分析方法:
DEG: R语言(limma+metaMA, threshold: FDR<0.01)
Metascape software: GO和KEGG富集分析
BioGRID,Cytoscape: PPI
TRANSFAC: TFs in the human genome and the motifs of genomic binding sites
UCSC: the 2 KB sequence in the upstream promoter region of DEGs
IHC: 验证关键DEG
pROC package: 关键DEG的ROC曲线
文章数据:
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纳入分析的GEO数据集
2.前10的上下调差异基因
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前50的DEG热图
4.BP富集分析结果
5.MF富集分析结果
6.CC富集分析结果
7.前10的GO分析展示
8.KEGG富集分析
9.明显富集VSMC收缩通路展示
10.明显富集肿瘤信号通路展示
11.前20的转录因子网络
12.前5的转录因子及其靶向基因
13.前20DEG的PPI网络
14.在组织中通过IHC验证关键DEG的表达
15.几个关键DEG在诊断中的作用
