用samtools+bedtools快速计算不同区域中的变异数量（滑动窗口）

在做生物信息分析时，我们经常会用到滑动窗口统计不同区间内的变异数量，但是对于生物信息初学者（不具备编程能力）存在一定难度，这里有简单便捷实现滑动窗口的方法。

  1. 通过samtools获取基因组中个条染色体的长度
samtools faidx Brapa.fa
  1. 通过bedtools生成区域文件
#生成500kb的区域
bedtools makewindows -g Brapa.fai -w 500000 > region.bed
  1. 输入vcf文件，用bedtools计算每个区域存在的变异个数
bedtools coverage -a region.bed -b aaa.vcf -counts > aaa.vcf_500kb_window.txt
©著作权归作者所有,转载或内容合作请联系作者
平台声明：文章内容（如有图片或视频亦包括在内）由作者上传并发布，文章内容仅代表作者本人观点，简书系信息发布平台，仅提供信息存储服务。

推荐阅读更多精彩内容