前言
研究进化的方式
1）研究化石。
零散，不完整。
2）利用比较生物学、比较解剖学和生理学等手段，确定大致的进化框架。
细节存在争议 。
3）分子进化。
利用软件，从分子水平，构建各种生物间的系统发生树。
准确度依赖软件的优劣以及参数的设置。
分子进化理论
在分子水平下（DNA、RNA、蛋白质），而不是基于物种的外在特征，来研究进化过程。
基于某一个特定的分子在不同物种中的序列差异来构建系统发生树。
一般分子进化理论是建立在两个基本假设下的：
1）DNA、RNA或蛋白质序列包含了物种的所有进化史信息；
2）分子钟理论：一个特定蛋白质的进化变异的速度在不同物种中是基本恒定的。即两个蛋白质的序列越接近，它们距离共同祖先就越近。
同源
homologs，来源于共同祖先的相似的序列为同源序列。相似序列并不一定是同源序列。
同源又分为三种：1）异同源。xenologs。2）旁系同源。paralogs。3）直系同源。orthologs。
直系同源
来自于不同物种的，由垂直家系（物种形成）进化而来的基因。
并且典型的保留了与原始基因相同的功能。
旁系同源
在同一物种中的来源于基因复制的基因，可能会进化出新的与原来有关的功能。
基因复制出的基因可能面临几种命运：1）没用，丢了；2）衍化出新功能，如果是好的，就保留下来；3）如果是不好的，就会被自然选择淘汰；4）复制出来后加个终止子，闲置不用，为废基因。
异同源
是指通过水平基因转移，来源于共生或病毒侵染所产生的相似基因。
是在跨越巨大的物种间转移产生的。
相似度与同源性
同源性不可以被量化！只能定性描述。
基因生命网
网和树，大不相同。
编织生命网的要素之一，就是水平基因转移。horizontal gene transfer，是指生物将遗传物质传递给其他细胞而非子代细胞的过程。
基因还有可能通过杂交进化产生。
众多的水平基因转移的证据表明，有一些物种的进化可能是呈现树状的，而有一些则是网状。所以用达尔文的进化枝条连接物种，可能过于简单的。
