学习小组Day3笔记——小文

Linux安装软件

1、Linux怎么安装软件

conda :Linux系统的应用商店
在服务期上下载conda或者conda的精简版miniconda

1.在搜索引擎搜索miniconda
2.查看自己服务期的配置uname -a
3.对应自己的服务器位数,在刚刚的官网下载最新版的miniconda,或者其它版本,复制相应链接
4.在服务器的自己想要的安装目录下使用wget 刚刚复制的链接进行下载miniconda

  1. 安装成功后,source ~/.bashrc,成功

添加镜像

# 使用清华镜像
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
conda config --set show_channel_urls yes

常用命令

  • 查看软件列表:conda list
  • 搜索conda软件 conda search 软件名
  • 安装软件:conda install fastqc -y
  • 卸载软件:conda remove fastqc -y
  • 查看当前环境:conda info --envs
  • 创建环境:conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y
  • 激活环境:conda activate XXX
  • 退出环境: conda deactivate
    conda
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