《深阅读》中提到的书单如下，如果按照作者的“藏书千册”为目标的话，那么这个书单不算多，一共70本而已。
1、《启动的活法》筑波大学名誉教授，村上和雄先生著。
2、《论语》孔子
3、《意义的呼唤》维克多·E弗兰克贝
4、《罪与罚》陀思妥耶夫斯基
5、《富翁自传》福泽谕吉
6、《卡拉马佐夫兄弟》陀思妥耶夫斯基
7、《百年孤独》加西亚·马尔克斯
8、《千禧年》斯蒂格·拉森，三部曲，三部小说每部分为上下册，共六册
9、《禁闭岛》推理小说，丹尼斯·勒翰
10、《历史是什么》爱德华·H·卡尔
11、《游戏的人》约翰·赫伊津哈
12、《情绪的世界》岛崎敏树
13、《人类的极限》霜山德尔
14、《人类的诗与真实——其心理学考察》霜山德尔
15、《夜与雾》霜山德尔翻译
16、《约翰·克里斯朵夫》罗曼·罗兰
17、《跟巨匠学习绘画鉴赏》视觉设计研究所
18、《跟巨匠学习配色基础》内田广由纪
19、《睡觉也能学的结构主义》内田树
20、《反哲学入门》木田元
21、《尼采入门》、《柏拉图入门》竹田青嗣
22、《原来这就是现代思想》小阪修平
23、《Small Talk》附带CD的英语学习教材
24、《E=mc²——世界最著名的方程式传记》大卫·波丹尼斯
25、《利用报纸长学力》斋藤孝
26、《三四郎》、《从此以后》、《门》夏目漱石
27、《金色梦乡》、《重力小丑》伊坂幸太郎小说
28、《斋藤孝的天才传》斋藤孝
29、《爱迪生——发明了20世纪的人》尼尔·鲍德温
30、《梵·高书信集》
31、《私塾·坂本龙马》、《献给母亲的叙事诗》武田铁矢
32、《龙马风云录》司马辽太郎
33、《44号孩子》汤姆·罗伯·史密斯
34、《秘密演讲》汤姆·罗伯·史密斯
35、《福利斯特探案集》R·D·温菲尔德
36、《最后的孩子》约翰·哈特
37、《少女无声》波士顿·德兰
38、《盗城》大卫·贝尼奥夫
39、《枪炮、病菌和钢铁》贾雷德·戴蒙德
40、《柴田元幸与九位作家》柴田元幸
41、《古希腊渊博图鉴》芝崎美雪
42、《新教伦理与资本主义精神》马克思·韦伯
43、《国家的品格》藤原正彦
44、《别让我走》石黑一雄
45、《君主论》马基雅维利
46、《风姿花传》世阿弥
47、《成为小说家！》中条省平
48、《神话的力量》约瑟夫·坎贝尔，比尔·莫耶斯
49、《公正：该如何做是好？》迈克尔·桑德尔
50、《新黑格尔》长谷川宏
51、《野村的实践<论语>》野村克也
52、《鼻子》果戈里
53、《源氏物语》、《谨译源氏物语》
54、《宇宙大爆炸》西蒙·辛格
55、《你们该如何活下去》吉野源三郎
56、《必能找到“座右铭”——寺子屋的451个人生训条》斋藤孝
57、《卡索拉和她的书》多萝西·巴特勒
58、《当大人为绘本落泪时》柳田邦男
59、《那位配音员朗读的那部名作》斋藤孝
60、《印度夜曲》安东尼奥·塔布其
61、《论语和算盘》涩泽荣一
62、《咖啡转，世界史也转》酒井隆一郎
63、《马铃薯的世界史》伊藤章治
64、《无处不在的历史科学······或者为什么世界比我们想象的更简单》马克·布坎南
65、《冰川清话》胜海舟
66、《论语故事》下村湖人
67、《弟子》中岛敦
68、《圣经故事》赛珍珠
69、《安娜·卡列尼娜》托尔斯泰
70、《关于读书》叔本华电影图书广播小组
