本题综合考查民法的基本原则，难度极大，错误率极高。
A项考查自愿原则。自愿原则，又称意思自治原则，是指民事主体有权按照自己的意思决定是否参与民事活动，参与何种民事活动以及如何参与民事活动，并自觉承受相应的法律后果。本题中，乙在二人宅基地的边界线靠己方一侧，建起高5米的围墙系按照自己的意思进行的，并非被他人强迫所为。因此，乙的行为并未违背自愿原则。故A项错误，不当选。
B项考查公平原则。公平原则，是指民事主体从事民事活动时要秉持公平理念，公正、平允、合理地确定各方的权利和义务，并依法承担相应的民事责任。本题中，甲、乙之间因建围墙之事而产生的纠纷，与是否公正、平允、合理地确定双方的权利义务问题无涉。故B项错误，不当选。
C项考查平等原则。平等原则，是指民事主体，不论自然人、法人还是非法人组织，不论自然人是男、女、老、少、贫、富，不论法人规模大小、经济实力雄厚与否，不论非法人组织经营什么业务，在从事民事活动时，他们相互之间在法律地位上都是平等的，他们的合法权益受到法律的平等保护。本题中，甲、乙二人均为自然人，系平等独立的民事主体，乙建高墙的行为并非基于其优势地位且结果上亦未导致二者法律地位不平等。因此，乙的行为并未违背平等原则。故C项错误，不当选。
D项考查诚信原则。诚信原则，是指民事主体从事民事活动时，应当秉持诚信、善意，信守自己的承诺，在行使权利、履行义务过程中，讲诚实、重诺言、守信用。其核心乃诚实不欺、善意、信守承诺。诚信原则作为民法最为重要的基本原则，被称为民法的“帝王条款”，是各国民法公认的基本原则。同时，通说认为：“不得滥用民事权利乃诚实信用原则的反面体现”。本题中，乙在二人宅基地的边界线靠己方一侧，建起高5米围墙的行为，虽然属于行使自己权利的行为，但该行为使甲在自家院内却有身处监牢之感，显属违背善意行使权利的诚信原则，故D项正确，当选。
综上所述，本题的正确答案为D。
