1.Linux下运行structure

1.1软件下载与安装

tar -zxvf structure_kernel_source.tar.gz

cd structure_kernel_src/

make

./structure

运行成功会显示如下图：

若服务器无法联网，可下载安装包后上传解压

1.2运行

1.2.1plink得到structure格式文件

plink --bfile file --recode structure --out test-structure

1.2.2运行structure

根据自己的样本、位点信息及文件内容设置两个参数文件：extraparams，mainparams，以下为几个较为重要的参数，具体可上官网查看

MAXPOPS ：Number of populations assumed for a particular run of the program.
BURNIN ：Length of burnin period before the start of data collection.
NUMREPS ： Number of MCMC reps after burnin.
Input/Output files.
NUMINDS ：Number of individuals in data file.
NUMLOCI ：Number of loci in data file.
PLOIDY ：Ploidy of the organism. Default is 2 (diploid).
MISSING ： Value given to missing genotype data. Must be an integer, and must not appear elsewhere in the data set. Default is -9

运行（命令行根据群体数及重复数自行设置）：

structure -k 1 -o k1run.txt; structure -k 1 -o k1run2.txt; ……

2.隐藏任务

structure有时运行时间过长，可先隐藏任务,退出终端后保持进程后台运行

新建任务

tmux new -s structure

运行命令

structure -k 1 -o k1run.txt; structure -k 1 -o k1run2.txt; ……

退出：ctrl+b，d

重新进入任务

tmux a -t structure

查看时会显示任务（tmux ls命令）