在真气运行法的锻炼过程中，由于调整呼吸，培养真气，贯通经络，促进细胞的新陈代谢，给机体各组织增加了活力，使各组织器官发挥了它们的本能力量，这是共同现象。由于特定的呼吸形式，影响各个脏腑器官的有机联系，从而改善了它们之间因互相制约、互相依存失常而产生的病理现象，因而有助于恢复健康。
一、肺 脏
肺位于胸中，其位最高，故《灵枢?九针论》说：“肺者五脏六腑之华盖也。”它的经脉下络大肠，与大肠互为表里。在体主皮毛，温润肌肤，开窍于鼻而知香臭。主司呼吸，为人体内外气体交换的通道。肺朝百脉以充全身，辅助心脏运行气血，并能调整人体脏器组织之间的功能联系，保持正常的活动。
《黄帝内经》说“呼吸精气”，即肺主呼吸的功能。人自出生后，即不停顿地有节律地进行着吸入清气、呼出浊气的运动。真气运行法注意呼气，加强了肺泡的收缩力，对排出浊气起到促进作用。肺内存留的气体越少，肺内压就越低，因此也就可以获得更多的新鲜空气。这样，才是吐故纳新的正确方法。
《素问?五脏生成论》说：“肺之合皮也，其荣毛也”。肺主皮毛，肺呼吸时，皮肤毛窍也在开阖活动，平时感觉不到。真气运行法练到一定程度，全身皮肤毛窍都在随呼吸而动，感到遍体通调，气机流畅，这对人体内外气体的交换起到良好的促进作用，我们把这个呼吸形式叫做体呼吸。
由于内呼吸旺盛了，而外呼吸表现为鼻息微微，若存若无，自然呈现为深、匀、细、长的呼吸形式。每分钟有4～5次（或更少）的呼吸就够用了，这比每分钟18～20次的呼吸次数减少三分之二多。肺活动的次数减少了，就有了充分的休息时间，减少摩擦，可使病灶早日恢复（初始练习切不可勉强追求次数多少）。
由于注意呼气，加强了肺的收缩，可以帮助肺泡排出痰涎。加强吐故纳新，不断地获得新生力量，对防治肺气肿也是有效的。
肺主气的含义，不仅指肺的呼吸作用，而整个人体的吸收、排泄、分解、化合，神经的紧张、缓和，血管的舒缩，脏腑功能的制约、依存，真气的循经运行，动和静的互生、阴平阳秘等，都和呼吸运动有着极为密切的关系，所以《素问?五脏生成论》说：“诸气者，皆属于肺。”
二、心脏
心位居胸中，心包膜护于外，在体合脉，开窍于舌，主神明，为十二官的主宰；主运血，为人体生命活动的关键。
心主运血，以每分钟舒缩72次左右的频率把血液压送到周身供应营养，故《素问?痿论》说：“心主身之血脉。”它的活动是受心传导系统支配的自主活动，但也受神经系统的调节，以适应身体的需要。血管是受交感和副交感神经支配的。经上海第一医学院生理教研组动物实验证明，当呼气时副交感神经兴奋，吸气时交感神经兴奋，两者相互制约。调息时注意呼气，可加强血管的舒张活动，因此血液通过顺利，就给心脏减轻了负担，这对心脏的保养是很有益的。
高血压性心脏病患者，可用真气运行法使血压降低改善症状，经常锻炼者可保持稳定。对冠心病患者也可以改善其供血状况而获愈。肺源性心脏病，由于改善了呼吸功能，减轻了心脏的负荷，也有一定的效果。由于练功时热能的增加，以及内分泌协调旺盛，对风湿性心脏病确有疗效；即便有瓣膜损害的情况，由于真气运行旺盛，心肌功能增强，周围阻力降低，心脏负担减轻，自然对改善症状也有很大帮助。
中医学认为，心为人体生命活动的主宰，在脏腑中居于首要地位。五脏六腑、四肢百骸、五官七窍、筋骨皮毛血脉等，必须在心的主宰下进行活动。因为心主运血，血液为载送营养的工具，血液把氧气和养料送到全身，化生真气赋予各组织系统能量，才能产生相互制约、相互依存的有机生理活动。
神明，是指精神、意识、思维活动，以及由这些活动反映出来的聪明智慧。故《素问?灵兰秘典论》说：“心者，君主之官，神明出焉 故主明则下安，主不明则十二官危。”古人知道“脑为元神之府”，但在理论叙述中，把大脑的功能归属于心。
真气运行法的调息凝神和神制妄动，实际就是自我训练、自我控制大脑神经功能的作用，以改善神经功能的失调，消除疾病。五步功成后，任督沟通，周天运转。心气下降，肾气相应，尻脉周流，神明自献。肾水浇得心花放，神光照澈性理天。
三、肝脏
肝居右胁下，其经脉络胆，与胆互为表里，在体合筋，开窍于目。功能主全身血液的贮藏与调节，并主筋骨关节的运动和精神情志的调节、御侮抗邪的应激作用。
肝为人体御侮抗邪的功能系统。《灵枢?师传》说：“肝者主为将，使之候外”。《素问?灵兰秘典论》说：“肝者将军之官，谋虑出焉”。故知肝与中枢神经、植物神经的功能密切相关。肝又是人体内的化工厂，对各种物质进行分解、合成、解毒和排泄。
真气运行法锻炼有素的人，由于浩气常存，多表现为坚定镇静，正直不阿，遇事不惧。
肝性喜舒利条达，与春生之气相应。在生理状态下，肝虽不宜抑郁，但也不宜过亢。若肝阳上亢，则性情急躁善怒；肝气不足，常表现为胆怯恐惧。
常见患肝气郁滞的慢性病人，右肋疼痛；但因肝气也循经运行于左，故有左肋下（期门穴）刺痛的。肝阳上亢则头晕目眩，口苦，食欲不振，腹胀，四肢懈怠，性情烦躁等。
真气运行法闭目调息，是很好的治疗方法。“五劳七伤”中有眼见杂色伤肝之说，因此闭目就是养肝的一种方法。注意呼气，使心火下降。“心为肝子”，“实则泻其子”就可以达到平肝的目的。肝气得平，头晕胁痛即可减轻；脾不受克，则食欲不振、小腹胀满的症状也随之而改善。心肾相交，肾气旺盛，肝得肾阴以滋养，烦躁得宁，心情愉悦，身体轻捷。
临床观察多例慢性肝炎和初期肝硬化的病人，练功在短时内（真气注入丹田）就可收到食欲好转、腹胀减轻的效果；进一步丹田真气饱满，一般症状大部分消失或减轻；通督后待全身经络通畅，精神焕发，症状消失。经常坚持锻炼，可获痊愈。
四、脾胃
脾与胃互为表里，胃主纳谷，脾主运化，开窍于口，输布营养精微，升清降浊，为营血生化之源。五脏六腑、四肢百骸皆赖以营养，故称脾胃为“后天之本”。
脾胃有消化饮食、吸收营养、输布津液的功能。《素问?经脉别论》说：“饮食入胃，游溢精气，上输于脾。脾气散精，上归于肺”（土生金）。
真气运行法第一步，呼气注意心窝部（即胃区），导心火下行给脾胃增加热能。因此，初练三五天就可感到心窝部有温热的感觉（火生土）。这对改善脾胃虚寒、消化不良的症状，效果是显著的。有很多人患胃病久治不愈，经真气运行法的锻炼，很快就能见效，久久行之便可恢复健康。胃下垂是顽固的病症，用其他治疗方法觉得效果不太理想，经用真气运行法治疗，效果明显。由于通过练功，胃区热能增加，就使胃本身的功能逐渐恢复。丹田真气充足时，小腹饱满有力，给下垂的胃体增加了上浮力，所以很多胃下垂的患者，通过本法的治疗，十天左右，食欲好转；三十天后，体重增加；五十天后，每呼气即感下垂的胃向上扯拉；最后经X线拍片检查，完全或不同程度的恢复，效果是很满意的。
五、肾与命门
肾左右各一，位于腹后壁，在脊柱两侧，与膀胱互为表里，开窍于耳。肾主藏精，为发育生殖之源，主骨、生髓、通于脑，主五液以维持体内水液代谢的平衡。肾的生理功能极为重要，为人生命的根本，故称“肾为先天之本”。
肾气旺盛则精盈髓足，聪明机智，动作轻捷有力。所以《素问?灵兰秘典论》说：“肾者作强之官，伎巧出焉。”
命门附于肾，是人体重要的器官。根据《难经》记载，命门是“诸神精之所舍，原气之所系”；“男子以藏精，女子以系胞，其气与肾通”。而“肾间动气”即生气之源，乃五脏六腑之本，十二经脉之根，呼吸之门，三焦之源。如果命门衰竭，生命也就结束了。
精是人体生命活动的物质基础。肾精是发育、生长、生化之源，是生育繁殖之根本，为先天之精。在胚胎时期发育、生长的生理活动中，以及出生后的生活过程中，不断地消耗肾精，故需饮食、呼吸摄取阴精（养料）、阳精（氧气）不断地予以补充，以维持生命。
真气运行法的炼精化气阶段，就是把摄取的阴精、阳精，合并而化生为真气（能量），充养全身。
《素问?上古天真论》说：“肾者主水，受五脏六腑之精而藏之”，也就是古代养生家所说的“五气朝元”。
在炼气化神阶段，丹田真气充足，肾气旺盛，两肾有如汤煎之热，即“命门相火”的表现。第二、三腰椎处，即命门穴，“肾间动气”活跃非常，逐渐缘督脉上行，冲通夹脊，透过玉枕，直达脑海。肾气入脑，灌溉脑髓。髓海充足，精神饱满，动作轻捷，身心舒适愉悦，好像换了一个人。这个后天返先天的现象，也就是《老子》“蔽而新成”的说法。
炼气化神阶段，体现了“元精化元气”的过程，也就是练功者追求的目的。由于人们在习惯上只知有个肾精，因此一开始就在炼气化神阶段入手，不但效果不好，而且会出现很多毛病。由于过早使用了腹式呼吸，努力吸气，犯了化源不足、“揠苗助长”的错误!
真气运行法之所以进步快，成功率高，能够定期取效，就是因为遵循了“静极生动，动极复静”的自然规律和合乎生理的调息方法，以培养肾精、命火为法，不以抽调导引肾气为用。
通关之后，感到呼气与肾气相通，一呼真气缘任脉入丹田，一吸真气缘督脉入脑海，呼吸深长自然，体现了阴阳互根、一气混元的自然规律。
真气运行法第三步，丹田真气充实，肾脏功能增强，如命门火衰的尿频、阳痿、腰腿酸软无力、女子月经不调等现象即可改善。到第四步功冲通督脉使肾气入脑，补益脑髓，更增强了大脑皮层的本能力量。因此，对失眠、健忘、多梦等一些神经衰弱症状，都可起到良好的作用。
从生理学观点看，督脉贯通后的效果，概为肾上腺与脑垂体这两大腺体之间的互相激惹、互相补益的生理关系更加协调旺盛。在生理上表现为生机旺盛，再生力增强，由衰返壮。古人所说“要得不老，还精补脑”就是这个意思。
真气运行法对全身生理功能的改善，是随着功候的进展而逐渐显现的，以上只不过仅就五脏的变化略为说明而已，下面则是真实而具体的医案。
