Seurat 多个样本运行SCTransform后运行RunPCA的问题

merged <- merge(obj_list[[1]], obj_list[-1])
merged <- RunPCA(merged, assay = "SCT")

报错如下：

错误于PrepDR(object = object, features = features, verbose = verbose): 
  Variable features haven't been set. Run FindVariableFeatures() or provide a vector of feature names.

查看合并后的seurat object可以看到详细情况：合并后var.features是空的，所以RunPCA出错。

合并的object信息
  • 解决方法 1：使用SCT assay中的scale.data的行名
VariableFeatures(merged) <- row.names(merged[["SCT"]]$scale.data)
  • 解决方法 2：
features <- SelectIntegrationFeatures(object.list = obj_list, nfeatures = 3000)
VariableFeatures(merged) <- features
merged <- RunPCA(merged, assay = "SCT")
©著作权归作者所有,转载或内容合作请联系作者
平台声明：文章内容（如有图片或视频亦包括在内）由作者上传并发布，文章内容仅代表作者本人观点，简书系信息发布平台，仅提供信息存储服务。

推荐阅读更多精彩内容