明代，李元阳重修，亦有“三阁、七楼、九殿、百厦”。当时寺中有五宝:三塔、巨钟、雨铜观音、证道歌碑和佛都圆。至徐霞客到大理时，仍见崇圣寺前“三塔鼎立，塔四旁皆高松参天。其西由山门而入，有钟楼与三塔相对，势极雄壮”，楼后为正殿，正殿后为“雨珠观音殿，乃立像，铸铜而成者，高三丈”(徐霞客游记《滇游日记八》)。据说，寺中的鸿钟，为“建极十二年”(871年)造，“径可丈余，而厚及尺”，“其声闻可八十里”因而“钟震佛都”，曾成为大理著名的十六景之一。有人题写于原钟楼的“大叩大鸣，小叩小鸣，普觉梦中之梦;一声一佛，千声千佛，遥闻天外之天”的名联佳句描述的就是这景观，而清代周之烈题写的“楼势欲空天地我，钟声唤醒去来今”同样有异曲同工之妙。原寺内的雨铜观音，庄严静美，细腰赤足，造型精妙。然世事沧桑，巨钟已毁于清，雨铜观音毁于十年动乱，证道歌碑与佛都匾连同寺院一起，今已无存。
一千多年来，三塔经历了风雨剥蚀和多次强烈大地震，仍然巍然屹立，显示了古代大理劳动人民的智慧。1056年(丙辰年)农历五月初六大理发生大地震，史籍载:“城廓人庐尽圯,中塔(大塔)折裂如破竹，旬日复吉，安然无恙。”后面两座小塔被震斜，至今斜立，蔚为奇观。《大理县志》记载:“丙辰之变尽毁，惟三塔岿然尚存。”说明崇圣寺经强烈大地震和经历战乱与浩劫毁于晚清，十分可惜。
