一、下载并安装VMware Workstation pro
官网：https://www.vmware.com/cn/products/workstation-pro/workstation-pro-evaluation.html
安装虚拟机用于安装Linux系统，双系统的电脑不适合刚入门的小白（比如我）操作。
二、下载安装Linux操作系统
常见的Linux操作系统发行版有CentOS（https://www.centos.org/）、Ubuntu（https://ubuntu.com/download）、suse（https://www.suse.com/）、redhat（https://www.redhat.com/en）等，我用的是CentOS。
进入CentOS官网
开始安装CentOS，详细步骤参考大神https://www.cnblogs.com/happy2010/archive/2019/05/17/10880765.html
进入后会提示安装VMware tools，切记一定要安装！
三、相关软件的安装
conda：用师姐@dandanwu90的话说，就是一个软件管家。Bioconda是一个自动化管理生物信息软件的工具，优点是安装简单，各个软件依赖的环境一同打包且相互隔离，非常适合在服务器中建立自己的生物信息分析环境。
原文链接：https://www.jianshu.com/p/a20bb8c0bc5c
①下载安装miniconda
●从北京外国语大学镜像源（https://mirrors.bfsu.edu.cn/）安装miniconda：
wget https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-py38_4.8.2-Linux-x86_64.sh #最新版本可以自己去清华镜像找，然后右击-复制链接
●下载完成后，用bash命令安装miniconda：
bash Miniconda3-py38_4.8.2-Linux-x86_64.sh
●一直点回车，更改安装路径或者输入yes回车。最后用source命令检查一下：
source ~/.bashrc
●添加channels：
conda config --add channels conda-forge
conda config --add channels defaults
conda config --add channels r
conda config --add channels bioconda
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/msys2/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --set show_channel_urls yes
●根据需求创建并激活环境（bioinfo可自己命名）：
conda create -y --name bioinfo python=3
conda config--getchannels
●查看conda已安装的软件和channels以及更新conda的三个命令
conda list
conda config--getchannels
conda update conda
②接下来就是利用bioconda安装各种生信软件
●先搜索软件：
conda search 软件名
●然后安装自己需要的版本：
conda install 软件名=版本号
●更新软件：
conda update 软件名
●卸载软件：
conda remove 软件名
●创建环境：
conda create -y --**name** wes python=3
●删除环境：
conda remove -n **name **--all
●查看环境：
conda info-e
conda env list
③利用bioconda安装primer3
④利用bioconda安装e-pcr
⑤利用bioconda安装bedtools
⑥misa（2020年5月尝试，需要翻墙后才能使用，就是一个网页脚本）
●下载misa：
wget http://pgrc.ipk-gatersleben.de/misa/download/misa.pl
下载配置文件：
wget http://pgrc.ipk-gatersleben.de/misa/download/misa.ini
下载3个perl脚本：
wget http://pgrc.ipk-gatersleben.de/misa/download/est_trimmer.pl
wget http://pgrc.ipk-gatersleben.de/misa/download/p3_in.pl
wget http://pgrc.ipk-gatersleben.de/misa/download/p3_out.pl
之后就可以开始处理基因组数据了。
2020年6月2日 by ZXG
