在运行infercnv::run完成后，发现输出文件夹下面只有infercnv.observations_dendrogram，而没有infercnv.observations.txt

代码如下：

infercnv_obj <- infercnv::run(inferobj,

                              cutoff=0.1,# use 1 for smart-seq, 0.1 for 10x-genomics

                              out_dir=outdir_1,

                              window_length = 101,

                              max_centered_threshold = 3,

                              plot_steps = T,denoise = TRUE,

                              cluster_by_groups=T, ## 选择TRUE是按样本分组 改为FALSE会进行按另一个参数k_obs_groups给出的分组数（默认为1）进行分组

                              no_prelim_plot = T,

                              HMM=FALSE,

                              sd_amplifier = 1.3,

                              analysis_mode = "samples",  # analysis_mode ='subclusters' # 区分肿瘤亚型，慢

                              num_threads=3,

                              png_res = 200)

解决办法：加上参数 write_expr_matrix = T