一、简介

• R Markdown是通过R来书写可重复动态报告的⼀种格式。利⽤它在幻灯⽚、pdf、html⽂档、Word⽂件中嵌⼊R代码和结果。

二、生成中文PDF：

1. 下载软件：

• install.packages("rmarkdown")命令，安装Rmarkdown包。
• Rmarkdown需要借助pandoc进行渲染，Rstudio内置pandoc软件，无需安装。否则，需要安装pandoc软件。
• Tinytex生成PDF文件时需要借助LaTex软件帮助，可以安装Tinytex。输入tinytex::install_tinytex()命令，期间会出现两次错误提示无需理会。安装完成即可。

（1）Pandoc 中文含义：格式转化

• pandoc 是用 haskell 编写的一个 cli 工具，可以支持 docx、epub、html、json、latex、markdow、vimwiki、org、asciidoc 等等格式之间互相转换。pandoc选择的是windows版本，对应的是msi文件。
• pandoc使用小记 - 简书 https://www.jianshu.com/p/0fe173be8052

wget https://github.com/jgm/pandoc/releases/download/2.9.2.1/pandoc-2.9.2.1-windows-x86_64.msi

（2）安装miktex

• 官方页面： https://miktex.org/download（下载basic Miktex）
• LaTeX是一类用于编辑和排版的软件，用于生成PDF文档。

wget https://blog.csdn.net/lotterychampion/java/article/details/70195639https://miktex.org/download/ctan/systems/win32/miktex/setup/windows-x64/basic-miktex-2.9.7417-x64.exe 

三、R Markdown语法

1. yaml部分（文件头）

• 放在文件开头部分。用以规定标题、日期、作者、输出格式和一系列相关输出设置。

---
title: "Rmarkdown设置及语法"
author: 
  - "sudo" #作者信息
  - "`r Sys.Date()`" #自动获取当前日期
output: 
  html_document: 
    #可以从齿轮-Output Options中设置
    css: sspai.css #css模板，定义整个文档的格式，比如一级标题的字体字号等
    highlight: tango #代码高亮风格
    number_sections: yes #是否自动按节编号
    theme: yeti #主题风格
    toc: yes #是否自动生成目录
---

2. R代码的初始化设置

• Rmarkdown的初始化设置，或者叫全局设置，可以从代码块的设置中修改全局设置内容。比如说全局设置echo=TRUE，代码块设置中echo=FALSE，则最终echo=FALSE，即文档最终输出中不包括源代码。

```{r setup, include=FALSE}
knitr::opts_chunk$set(eval=TRUE, #在块中运行代码(default = TRUE)
  tidy=FALSE, #是否整理代码
  prompt=TRUE, #代码是否添加引导符’>‘
  highlight=TRUE, #高亮显示源码 (default = TRUE)
  comment="Result:", #结果的每一行加前缀(default = ‘##’)
  echo=TRUE, #是否在输出中包含源代码
  results="markup", #装裱markup、原样asis、隐藏hide、末尾hold
  collapse=FALSE,#把所有的输出汇聚到单个块中(default = FALSE)
  warning=FALSE,#是否在输出中包含警告(default = TRUE)
  error=TRUE, #是否在输出中包含错误信息
  message=FALSE, #是否在输出中包含参考的信息
  split=FALSE, #是否将R的输出分割成单独的文件
  include=TRUE, #运行后是否在文档中显示块 (default = TRUE)
  cache = TRUE, #对代码段打开缓存
  cache.path="./cache_file/", #缓存结果的保存路径 (default = “cache/”)
  # fig.path="figure/prefix-", #图片路径，支持非前缀模式(‘figure/’)
  # fig.keep="high", #保存图形类型，高级high、不保存none’)、所有图形(‘all’)、第一张(‘first’)、最后一张(‘last’)
  fig.show="asis", #展示方式，紧随代码asis、最后统一hold、动画animate
  # fig.width=8, #可以用%表示
  # fig.height=6, #图片文件的宽、高(英寸2.54cm 为单位)
  # out.width=8,
  # out.height=6, #图片在输出文档中的宽、高
  fig.align="center" #对齐方式，不做调节(‘default’)、左(‘left’)、右(‘right’)、居中(‘center’)
  # interval=1 #动画参数，切换画面时间，单位为秒
)

参考：Rmarkdown代码参数设置 - 简书 https://www.jianshu.com/p/3d9376931953

3.正文

参考：Markdown基本语法 - 简书 https://www.jianshu.com/p/191d1e21f7ed