学习小组Day3笔记--DecemberChopin

Linux环境下的软件安装

了解conda,相当于Linux系统中的应用商店,下载其精简版miniconda,安装及配置,在miniconda中下载安装其他软件
下载miniconda
  1. 百度搜索“miniconda 清华”,进入https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/?C=M&O=D,根据服务器的版本(命令 uname -a),选择下载最新版本miniconda,右键-复制下载链接

  2. 在主目录中新建biosoft目录,mkdir biosoft; 在biosoft目录下下载,输入wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-py38_4.8.2-Linux-x86_64.sh;下载后开始运行miniconda,bash Miniconda3-py38_4.8.2-Linux-x86_64.sh,安装过程一路enter和yes

    image.png

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  3. 激活miniconda
    逐个输入命令:在biosoft目录下,输入source ~/.bashrc, 命令行输入conda

cd biosoft
source ~/.bashrc
conda
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  1. 添加镜像
    逐个输入以下命令:
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
conda config --set show_channel_urls yes
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  1. 使用miniconda安装软件
    查看conda下的软件列表,conda list;
    image.png

    搜索conda下的软件(以质量控制软件fastqc为例),conda search fastqc
    image.png

    安装fastqc软件,默认安装最新版本,conda install fastqc; 若输入conda install fastqc -y,则不需一步步点yes;若想安装指定版本,conda install fastqc=版本名
    image.png

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  2. 卸载fastqc
    输入conda remove fastqcconda remove fastqc -y
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  3. 了解“conda环境”
引用生信星球课程

生信实战中,需要分析转录组、基因组组装、重测序等多个项目。
每一个项目都需要不同的软件,另外软件之间的结合也是需要版本要求的,比如A项目你需要用a软件V 1.0版本,但是处理B项目又需要用到a软件的V 1.5版本,怎么办?
--别想了,办法就是分身!!按照你的项目,定制不同的分身,安装不同的软件,互不干扰。这个分身就是不同的“conda environment”。

查看conda环境,conda info --envs

image.png

引用生信星球课程

比如我们要处理转录组数据了,好,先建立一个名叫rnaseq的conda环境,然后指定python版本是3,安装软件fastqc、trimmomatic(这两个可以一步完成)(这里指定python版本是因为有的软件是基于python开发的,不是要你学python或者用它干什么。)

输入以下命令,conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y

image.png

image.png

再次查看conda环境,conda info --envs
image.png

发现默认环境还是base,那么需要激活rna-seq,conda activate rna-seq;若要退出当前环境,conda deactivate

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