Linux环境下的软件安装
了解conda,相当于Linux系统中的应用商店,下载其精简版miniconda,安装及配置,在miniconda中下载安装其他软件
下载miniconda
百度搜索“miniconda 清华”,进入https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/?C=M&O=D,根据服务器的版本(命令 uname -a),选择下载最新版本miniconda,右键-复制下载链接
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在主目录中新建biosoft目录,
mkdir biosoft
; 在biosoft目录下下载,输入wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-py38_4.8.2-Linux-x86_64.sh
;下载后开始运行miniconda,bash Miniconda3-py38_4.8.2-Linux-x86_64.sh
,安装过程一路enter和yes
激活miniconda
逐个输入命令:在biosoft目录下,输入source ~/.bashrc, 命令行输入conda
cd biosoft
source ~/.bashrc
conda
- 添加镜像
逐个输入以下命令:
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
conda config --set show_channel_urls yes
- 使用miniconda安装软件
查看conda下的软件列表,conda list
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搜索conda下的软件(以质量控制软件fastqc为例),conda search fastqc
安装fastqc软件,默认安装最新版本,conda install fastqc
; 若输入conda install fastqc -y
,则不需一步步点yes;若想安装指定版本,conda install fastqc=版本名
- 卸载fastqc
输入conda remove fastqc
或conda remove fastqc -y
- 了解“conda环境”
引用生信星球课程
生信实战中,需要分析转录组、基因组组装、重测序等多个项目。
每一个项目都需要不同的软件,另外软件之间的结合也是需要版本要求的,比如A项目你需要用a软件V 1.0版本,但是处理B项目又需要用到a软件的V 1.5版本,怎么办?
--别想了,办法就是分身!!按照你的项目,定制不同的分身,安装不同的软件,互不干扰。这个分身就是不同的“conda environment”。
查看conda环境,conda info --envs
引用生信星球课程
比如我们要处理转录组数据了,好,先建立一个名叫rnaseq的conda环境,然后指定python版本是3,安装软件fastqc、trimmomatic(这两个可以一步完成)(这里指定python版本是因为有的软件是基于python开发的,不是要你学python或者用它干什么。)
输入以下命令,conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y
再次查看conda环境,
conda info --envs
发现默认环境还是base,那么需要激活rna-seq,
conda activate rna-seq
;若要退出当前环境,conda deactivate