TMHMM 2.0--蛋白质的跨膜结构域预测

如何预测一个蛋白是否具有跨膜螺旋(TMH)?

蛋白结构决定蛋白功能,利用生物学在线软件工具TMHMM Server,v.2.0版本是蛋白质跨膜螺旋的在线分析工具。
TMHMM是由丹麦理工大学生物序列分析中心CBS负责维护。TMHMM使用了最先进的复杂的隐马尔可夫模型Hidden Markov Models数学模型来预测跨膜区域。

http://www.cbs.dtu.dk/services/TMHMM
Stps:选择文件或将蛋白序列的faste格式复制粘贴到序列框中,Output format保持默认→ Submit提交

TMHMM 2.0界面.png

IMAGE.png

Length: 蛋白质序列的长度;
Number of predicted TMHs: 预测出的跨膜螺旋数量;
Exp number of AAs in TMHs: 跨膜螺旋氨基酸残基数量的期望值(超过18个,可能含跨膜螺旋或者含有信号肽);
Exp number, first 60 AAs: 蛋白前60个氨基酸中跨膜螺旋的氨基酸量的期望值,如果这个数字超出几个,N端预测的跨膜螺旋可能是信号肽;
Total prob of N-in: N-term位于膜细胞质侧的总概率;
POSSIBLE N-term signal sequence: 当“Exp number,first 60 AAs”大于10时产生的警告。


IMAGE.png

横坐标轴表示提交蛋白序列对应的氨基酸残基序号;
纵坐标轴的数值为横轴上每个氨基酸位于膜内测(inside)、膜外侧(outside)和跨膜螺旋区(TMhelix)的概率值。
Note:图中的红色矩形为跨膜螺旋结构;蓝色线段是位于膜内的结构,而红色线段是位于膜外的结构


Reference:
基迪欧生物

最后编辑于
©著作权归作者所有,转载或内容合作请联系作者
禁止转载,如需转载请通过简信或评论联系作者。
  • 序言:七十年代末,一起剥皮案震惊了整个滨河市,随后出现的几起案子,更是在滨河造成了极大的恐慌,老刑警刘岩,带你破解...
    沈念sama阅读 214,588评论 6 496
  • 序言:滨河连续发生了三起死亡事件,死亡现场离奇诡异,居然都是意外死亡,警方通过查阅死者的电脑和手机,发现死者居然都...
    沈念sama阅读 91,456评论 3 389
  • 文/潘晓璐 我一进店门,熙熙楼的掌柜王于贵愁眉苦脸地迎上来,“玉大人,你说我怎么就摊上这事。” “怎么了?”我有些...
    开封第一讲书人阅读 160,146评论 0 350
  • 文/不坏的土叔 我叫张陵,是天一观的道长。 经常有香客问我,道长,这世上最难降的妖魔是什么? 我笑而不...
    开封第一讲书人阅读 57,387评论 1 288
  • 正文 为了忘掉前任,我火速办了婚礼,结果婚礼上,老公的妹妹穿的比我还像新娘。我一直安慰自己,他们只是感情好,可当我...
    茶点故事阅读 66,481评论 6 386
  • 文/花漫 我一把揭开白布。 她就那样静静地躺着,像睡着了一般。 火红的嫁衣衬着肌肤如雪。 梳的纹丝不乱的头发上,一...
    开封第一讲书人阅读 50,510评论 1 293
  • 那天,我揣着相机与录音,去河边找鬼。 笑死,一个胖子当着我的面吹牛,可吹牛的内容都是我干的。 我是一名探鬼主播,决...
    沈念sama阅读 39,522评论 3 414
  • 文/苍兰香墨 我猛地睁开眼,长吁一口气:“原来是场噩梦啊……” “哼!你这毒妇竟也来了?” 一声冷哼从身侧响起,我...
    开封第一讲书人阅读 38,296评论 0 270
  • 序言:老挝万荣一对情侣失踪,失踪者是张志新(化名)和其女友刘颖,没想到半个月后,有当地人在树林里发现了一具尸体,经...
    沈念sama阅读 44,745评论 1 307
  • 正文 独居荒郊野岭守林人离奇死亡,尸身上长有42处带血的脓包…… 初始之章·张勋 以下内容为张勋视角 年9月15日...
    茶点故事阅读 37,039评论 2 330
  • 正文 我和宋清朗相恋三年,在试婚纱的时候发现自己被绿了。 大学时的朋友给我发了我未婚夫和他白月光在一起吃饭的照片。...
    茶点故事阅读 39,202评论 1 343
  • 序言:一个原本活蹦乱跳的男人离奇死亡,死状恐怖,灵堂内的尸体忽然破棺而出,到底是诈尸还是另有隐情,我是刑警宁泽,带...
    沈念sama阅读 34,901评论 5 338
  • 正文 年R本政府宣布,位于F岛的核电站,受9级特大地震影响,放射性物质发生泄漏。R本人自食恶果不足惜,却给世界环境...
    茶点故事阅读 40,538评论 3 322
  • 文/蒙蒙 一、第九天 我趴在偏房一处隐蔽的房顶上张望。 院中可真热闹,春花似锦、人声如沸。这庄子的主人今日做“春日...
    开封第一讲书人阅读 31,165评论 0 21
  • 文/苍兰香墨 我抬头看了看天上的太阳。三九已至,却和暖如春,着一层夹袄步出监牢的瞬间,已是汗流浃背。 一阵脚步声响...
    开封第一讲书人阅读 32,415评论 1 268
  • 我被黑心中介骗来泰国打工, 没想到刚下飞机就差点儿被人妖公主榨干…… 1. 我叫王不留,地道东北人。 一个月前我还...
    沈念sama阅读 47,081评论 2 365
  • 正文 我出身青楼,却偏偏与公主长得像,于是被迫代替她去往敌国和亲。 传闻我的和亲对象是个残疾皇子,可洞房花烛夜当晚...
    茶点故事阅读 44,085评论 2 352