注：

（1）本文安装的是pandaseq2.11。

（2）安装目录为/opt/pandaseq/2.11，该目录需要提前创建。

（3）本文使用绝对路径，你也可以把/opt/pandaseq/2.11/bin加入到PATH中或者将pandaseq命令软链到某个已经在PATH中的目录。

安装

安装依赖：

apt-get install build-essential libtool automake zlib1g-dev libbz2-dev pkg-config

下载源码：

curl -OL 'https://github.com/neufeld/pandaseq/archive/refs/tags/v2.11.tar.gz'

解压：

tar -zx -f v2.11.tar.gz

编译：

cd pandaseq-2.11/
./autogen.sh
./configure --prefix=/opt/pandaseq/2.11
make -j8
make install

下载测试数据

测试数据我们使用SRR26361709（SRA数据库），可以通过sratools下载。不知道sratools怎么用的同学，可以从我的百度网盘里面下载：

链接: https://pan.baidu.com/s/1-erYl0jZ7bxuwiNUaGgJkw
提取码: cun1

不管使用哪种方法，反正我们最后得到两个文件：

（1）SRR26361709_1.fastq，read1测序文件。

（2）SRR26361709_2.fastq，read2测序文件。

合并

/opt/pandaseq/2.11/bin/pandaseq -T 4 -F -f SRR26361709_1.fastq -r SRR26361709_2.fastq -w SRR26361709.fastq

（1）-T，指定线程数。

（2）-F，指定结果格式为fastq。

（3）-f，指定read1测序文件路径。

（4）-r，指定read2测序文件路径。

（5）-w，指定合并结果文件路径。