在基因组分析中，模式是一组基因位点，这些位点满足以下条件：

核心基因组（cg）MLST模式：这些位点存在于大多数菌株中，通常在模式创建时使用95%的菌株存在率作为阈值。假设在每种菌株中，由于测序覆盖问题、组装问题或与使用草图基因组组装相关的其他问题，最多可能有5%的位点无法被识别。

泛基因组/全基因组（pg/wg）MLST模式：这些位点存在于模式创建时分析的至少一个菌株中。

附属基因组（ag）MLST模式：这些位点存在于少于95%的菌株中。

EXC - 完全匹配（100% DNA一致性）
与先前识别的等位基因完全匹配。

INF - 推断的新等位基因
这些等位基因在模式中没有完全匹配，但与模式中的某个位点高度相似。等位基因标识符中的INF-前缀表示该等位基因是在该基因组中新推断的，前缀后的数字是该等位基因的标识符。推断的等位基因会被添加到与其高度相似的位点的FASTA文件中。

LNF - 未找到位点
未找到与模式中所示位点数量对应的等位基因。这意味着对于这些位点，没有BLAST命中，或者它们不在等位基因分配的BSR阈值范围内。

PLNF - 可能未找到位点
在执行模式1、2和3时，如果未找到某个位点，则归为此类。这些模式不执行完整分析（完整分析仅在模式4（默认）中执行），这种分类表明更彻底的分析可能会找到未找到位点的匹配。

PLOT3/PLOT5 - 可能在查询基因组contig的末端（见下图）。
当查询基因组的CDS与已知的较大等位基因有BLAST命中，且该等位基因完全覆盖CDS序列，同时较大等位基因的未比对区域超出查询基因组contig的末端时，该位点被分类为PLOT（根据匹配模式位点的CDS位于contig的5'端或3'端，分别分类为PLOT5或PLOT3）。这可能是由于基因组片段化导致Prodigal预测的CDS较短而产生的假象。为避免位点错误分类，此类情况下的位点被分类为PLOT。

LOTSC - 当查询基因组的contig小于匹配的等位基因时，该位点被分类为LOTSC。

NIPH - 非信息性旁系同源命中（见下图）。当查询基因组中的≥2个CDS与模式中的一个位点匹配且BSR > 0.6时，该位点被分类为NIPH。这表明该位点在查询基因组中可能存在旁系同源（或直系同源）位点，由于等位基因分配的潜在不确定性（例如，由于同一移动遗传元件（MGE）的多个拷贝存在或基因复制后假基因化的结果），应从分析中移除该位点。大量的NIPH也可能表明基因组组装质量较差，因为存在大量较小的contig，导致部分CDS预测。这些部分CDS可能包含与多个位点匹配的保守结构域。

NIPHEM - 类似于NIPH分类，但特指完全匹配。当在第一次DNA序列比较中，来自同一基因组的多个CDS与同一位点的一个或多个等位基因具有100%的DNA相似性时，归为NIPHEM标签。

PAMA - 旁系同源匹配。归因于与多个位点高度相似的CDS。这种分类允许识别模式中被分类为旁系同源位点的相似位点组，并列在paralogous_counts.tsv和paralogous_loci.tsv文件中。

ALM - 等位基因长度比匹配位点长度分布的众数大20%（CDS长度 >（位点长度众数 + 位点长度众数 * 0.2））（见下图）。此判定基于当前识别的给定位点的等位基因集。需要注意的是，尽管不常见，但随着更多等位基因被调用并添加到模式中，众数可能会发生变化。

ASM - 类似于ALM，但适用于等位基因长度比匹配位点长度分布的众数小20%（CDS长度 <（位点长度众数 - 位点长度众数 * 0.2））。与ALM类似，需要注意的是，尽管不常见，但随着更多等位基因被调用并添加到模式中，众数可能会发生变化。