Conda的安装与初步使用
- Conda是Linux环境下的软件安装与管理工具
- 相当于应用商店，日常生信使用miniconda即可
miniconda的下载与安装
- 从清华镜像下载miniconda3安装包
wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh - 安装miniconda3
bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh(会安装在用户目录下)
source ~/.bashrc(激活conda) - 配置下载软件的镜像网站
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda conda config --set show_channel_urls yes
miniconda3的基础使用
- 查看软件列表
conda list - 查找软件
conda search fastqc - 安装软件
conda install fastqc -y #默认安装最新版fastqc conda install fastqc=0.11.7 -y #安装指定版本fastqc - 卸载软件
conda remove fastqc -y - conda环境(envs)
- 创建conda环境
conda create -n methylation - 查看conda环境
conda info --envs - 激活conda环境
conda activate methylation - 退出当前conda环境
conda deactivate
- 创建conda环境
