miRNA靶基因预测：psRoBot

  1. 下载psRoBot http://omicslab.genetics.ac.cn/psRobot/downloads.php
  2. psRoBot的功能介绍
    psRobot_map：将miRNAs mapping到参考基因组。
    psRobot_mir：基于测序的small RNA和参考基因组，预测新的miRNA。
    psRobot_tar：预测小RNAs在转录本中的靶位点。
    psRobot_deg：降解组分析，对预测靶位点的进一步实验验证。
  3. 预测miRNA的靶基因
    psRobot_tar -s novel.fa -t mRNA.fasta -o novel_miRNA_mRNA.gTP -p 32
    -s novel.fa #需要预测miRNA序列，序列格式一定要是大写
    -t mRNA.fasta #基因组的cDNA序列
    -o 指定输出文件
    -p 32 使用32个进程
    输出文件novel_miRNA_mRNA.gTP格式
>miR156        Score: 1.0      ZLEO3C002807

Query:          1 TTCGGACCAGGCTTCATTCCC 21
                  |:|||||||||||||||*|||
Sbjct:       1400 AGGCCTGGTCCGAAGTA-GGG 1381

cat novel_miRNA_mRNA.gTP|grep "^>" |cut -f 1,3 即可输出靶基因对的miRNA-mRNA。

©著作权归作者所有,转载或内容合作请联系作者
平台声明：文章内容（如有图片或视频亦包括在内）由作者上传并发布，文章内容仅代表作者本人观点，简书系信息发布平台，仅提供信息存储服务。

推荐阅读更多精彩内容