1. 安装
CNVkit是一款基于Python环境的工具，所以安装之前你得确保已经安装好了Python。
安装方法有几个。
1.1 用Conda安装
可以从github导入，当然最省心的方法是从conda无脑安装。
如果是第一次使用conda的话先运行下面的代码添加频道。
# Configure the sources where conda will find packages
conda config --add channels defaults
conda config --add channels bioconda
conda config --add channels conda-forge
老司机的话直接
conda install cnvkit
1.2 用Python安装
pip install cnvkit
1.3 Github安装
git clone https://github.com/etal/cnvkit
cd cnvkit/
pip install -e .
如果不是conda安装的话可能还得另外整合其他的包，比方说R的DNAcopy
library(BiocManager)
install("DNAcopy")
Python的
用conda可以轻松搞定
conda install numpy scipy pandas matplotlib reportlab biopython pyfaidx pysam pyvcf
