写在前面
最近，自己在绘制进化树的分析，那么自己也总结一下相关的教程吧。对于进化树绘制的教程全网依旧是很多的。自己作为初学者，也是根据这些教程来学习，来做分析。做物种或基因的进化树，软件很多，目前很多可视化的软件都可以实现，功能很强大。
在上期内容中，我们分享了使用HMMER来筛选同源基因,我们获得基因家族后，那么进化树绘制是必须的。这就是文章的套路问题，这些文章，真的是一看就懂，一做就做不出来，唉......
这期教程，我们使用iqtree+ggtree来完成进化树的绘制。
iqtree获得树文件
所需软件
- mafft
- iqtree
mafft安装
我是使用服务器中运行的，安装可以使用conda
- iqtree
conda install mafft
iqtree官网
http://www.iqtree.org/
iqtree功能很强大，大家可以自己软件的官方文档。
安装
conda install iqtree
软件安转好后直接运行即可。
序列准备
进化树序列可以使用蛋白序列或核酸序列即可，格式按其准备即可。
>B2LU34
MTSIAFWNAFTVNPFPAAARRSPPPLTPFTSGALSPARKPRILEISHPRTLPSFRVQAIAEDEWESEKKALKGVVGSVAL
AEDETTGADLVVSDLKKKLIDQLFGTDRGLKATSETRAEVNELITQLEAKNPNPAPTEALSLLNGRWILAYTSFAGLFPL
LGAESLQQLLKVDEISQTIDSEGFTVQNSVRFVGPFSSTSVTTNAKFEVRSPKRVQIKFEEGIIGTPQLTDSIVIPDKFE
FFGQNIDLSPFKGVISSLQDTASSVAKTISSQPPIKFPISNSNAQSWLLTTYLDDELRISRADGGSVFVLIKEGSPLLT
>B4F6G1
MTSIAFCNAFTVNPFLAAARRSPPPLTPLTSVALSPARKPRILAIFHPRTFPSFRVQAIAEDEWESEKKTLKGVVGSVAL
AEDEKTGADLVVSDLKKKLIDQLFGTDRGLKATSETRAEVNELITQLEAKNPNPAPTEALSLLNGKWILAYTSFVGLFPL
LGAESLQQLLKVDEISQTIDSEGFTVQNSVRFVGPFSSTSVTTNAKFEVRSPKRVQIKFEEGIIGTPQLTDSIVIPDKVE
FFGQNIDLSPFKGVISSLQDTASSVAKTISSQPPIKFPISNSNAQSWLLTTYLDDELRISRADGGSVFVLILESSPLLT
>O49629
MATVQLSTQFSCQTRVSISPNSKSISKPPFLVPVTSIIHRPMISTGGIAVSPRRVFKVRATDTGEIGSALLAAEEAIEDV
EETERLKRSLVDSLYGTDRGLSASSETRAEIGDLITQLESKNPTPAPTEALFLLNGKWILAYTSFVNLFPLLSRGIVPLI
KVDEISQTIDSDNFTVQNSVRFAGPLGTNSISTNAKFEIRSPKRVQIKFEQGVIGTPQLTDSIEIPEYVEVLGQKIDLNP
IRGLLTSVQDTASSVARTISSQPPLKFSLPADNAQSWLLTTYLDKDIRISRGDGGSVFVLIKEGSPLLNP
mafft比对
使用mafft将序列对齐。
mafft test.fa > test.aligend.fa
我们获得对齐后的数据格式。
iqtree构建树
iqtree -s test.aligend.fa -m MFP -bnni -nt AUTO -cmax 15 -redo -bb 1000
关于iqtree的使用，可以看这篇教程IQ-TREE的使用 - 超快速用极大似然法构建进化树，讲的很详细。
必须参数：
-s 输入多序列比对文件
-nt 多线程，AUTO是自动多线程
-bb 1000 指定了要用快速BS法做1000次
最终，我们可以获得一下结果文件。
ggtree绘制进化树
这里，我们使用基迪奥的教程，如何绘制添加分类色块的进化树？,这个教程也是讲解得很详细。
注意：我们这里使用iqtree输出文件test.aligend.fa.treefile作为输入文件。
#载入相关的R包；
library(ggtree)
library(treeio)
library(ggplot2)
#读入newick格式的进化树文件；
tr = read.newick("test.aligend.fa.treefile")
ggtree(tr)
#为进化树添加叶标签；
p1 <- p0 + geom_tiplab(size=2,color="grey10")
p1
#为进化树添加圆形顶点；
p2 <- p0+ geom_tiplab(size=2,offset=0.03, color="grey10")+
geom_tippoint(color="#6bc72b",fill="#6bc72b",
alpha=0.4, size=3,shape=21)
p2
后面的教程参数调整，按着教程即可如何绘制添加分类色块的进化树？
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