微生物多样性(扩增子/16S rDNA测序)—OTU聚类与物种注释方法描述

一、OTU聚类

a)序列按照97%相似度(Identity)划分OTU,获得OTU表格,可以观测样品OTU分布情况;

b)主要步骤:

①去重复,去单序列获得OTU代表序列;

②将所有序列和OTU代表序列,按照97%相似度进行OTU划分; 

减少不同样品间测序深度带来的差异 ?

【手段】原始数据×OTU丰度矩阵,在一定序列数水平下,经过n次重复,获得稀疏化样品×OTU丰度子矩阵,用于β多样性分析。

二、物种注释

a) OTU代表序列,采用RDP classifier算法与数据库进行比对,比对置信阈值70%~80%,获得分类学信息,汇总成OTU分类学表格。

三、OTU聚类与注释在论文中的描述

a)OTU聚类的表述:

      例如:Operation Taxonomic Units(OTUs) were clustered with 97% similarity (3% cutoff) using XXX software(Version, website), and chimeric sequences were identified and removed.

b)物种注释的表述:

      例如:The phylogenetic affiliation of each 16S rRNA gene sequence was analyzed by  RDP classifier(website) against the Database(version) 16S rRNA database using confidence of(threshold) 70%.

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