测序知识

怎么区分一二三代测序

• 一代测序（Sanger双脱氧终止反应法）
  目前一代测序在验证序列（就是平时送公司测序返回来自己blast的那些）以及验证基因组组装完整性方面都是金标准。

  
  

  图片来自生信星球
  特点：读长长（1000 bp），准确性高（99.999%），但通量低，成本高。

• 二代测序
  第二代DNA测序技术(next generation sequencing，NGS )-循环阵列合成测序法。
  特点：通量高、时间短、读长短。
  以下具体解释边合成变测序（sequence by synthesis, SBS）

  
  

• adapter：为一段已知的短核苷酸序列，用于链接未知的目标测序片段
• index或barcode：几个碱基组成的寡核苷酸链，用于在混合测序时，区分不同样本

• insert：待测序的目标序列，位于两个adapter之间

  
  
  
  

  测序由5'端开始，最开始的几个碱基无法测得，第一个adapter在数据输出时去除，由于测序读长的限制，第二个adapter通常测不到。
  但是如果插入片段本身较短，测序会测穿，即会得到 insert-部分adapter 这样的read。

• 三代测序
  第三代测序技术以PacBio公司的SMRT和Oxford Nanopore Technologies 的纳米孔单分子测序技术为标志，不需要经过PCR扩增，超长读长，可达二代测序的100倍以上，实现了对每一条DNA分子的单独测序。错误率比二代要高，达到10-15%。
  特点：无需PCR扩增，读长长，无视GC含量的影响
  
  测序知识总结
  
  参考：文章《测序的世界》：https://www.jianshu.com/p/101c14c3a1d2

NGS组学都包括哪些分类

NGS（Next Generation Sequencing）即下一代测序，又名高通量测序（High-Throughput Sequencing）