"在linux环境下的软件安装"

1、miniconda的介绍

image.png

2、安装miniconda

cd ~/biosoft
wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
出错时，则用
bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

3、激活

source ~/.bashrc
输入conda

4、添加镜像

复制以下代码后，按enter键

使用中科大的镜像

conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --set show_channel_urls yes

5、使用conda

• 查看软件列表
  conda list
• 安装xxx软件
  conda install xxx -y
• 确认xxx软件是否安装成功
  输入输入xxx --help ,若出现一堆文字等，即提示文档，则表示成功了
• 卸载软件
  conda remove xxx -y

6、分身conda环境

• 查看目前已有什么环境
  conda info --envs
  前面带*的就是默认的
• 建立新环境

建立一个名叫rnaseq的conda环境，然后指定python版本是3，安装软件fastqc、trimmomatic（这两个可以一步完成）(这里指定python版本是因为有的软件是基于python开发的，不是要你学python或者用它干什么。)

conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y

• 检查是否创建成功
  conda info --envs
• 激活新的conda环境
  conda activate rna-seq
  此时随便输入软件名，如fastqc，即可出现帮助文档，表示可以了
  -退出当前新环境
  conda deactivate

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