Clone Manager:RT-PCR/qPCR引物设计

NCBI下载所需基因的转录本序列(NM或NR开头)如GADPH基因,https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_000012.12?report=genbank&from=6534517&to=6538375,选择GenBank格式。点击Create File下载

Fig1.PNG

下载后拖入Clone Manager打开,显示有GADPH基因这个转录本详细的外显子(中间红色箭头)和CDS注释信息(最下红色箭头)以及限制性酶切位点(Hind III等)。
Fig2.PNG

点击左下角Features,显示详细注释:GAPDH各个外显子以及CDS区起始位点。
Fig3.PNG

选择菜单栏Primer,RT-PCR design wizard,下一步,输入引物长度,点击下一步。因为RT-PCR引物会跨内含子,所以上下游引物需要匹配在两个相邻的外显子上。对着左侧的注释信息选择上游引物的位置,
Fig4.PNG

接着下游引物位置
Fig5.PNG

点击完成后,显示所有合格的引物对,评分由高到低。

Fig6.png

选中某一对引物,点击Enter to primer list,两次OK后,即可在Primer,Primer List,Active/loaded看到引物序列,注意:[S1]开头为上一步中选中的那对引物序列,并没有导入primer list,所以不能打开。
Fig7.PNG

选中某一条序列直接双击打开,看到该序列的详细信息。


Fig8.png

点击Export primer sequence就可以导出该序列到剪切板了。
为什么要导出呢,因为关闭Clone Manager后,Primer list中,Active/Loaded文件夹就会清空。

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