拿到自己数据中的上调与下调的基因list后,尝试用在线小工具做一下基因富集分析
1.DAVID+kobas
先用David工具将自己数据中得到的基因名转换成geneid,然后进入kobas将geneid输入,即可得到富集的通路。
DAVID: Functional Annotation Result Summary (ncifcrf.gov)
http://kobas.cbi.pku.edu.cn/anno_iden.php
遇到一个小小问题,在物种选择那里,我的小鼠是C57BL/6J小鼠,但是选项中那么多不知道是哪个。如果选错的话,gene名转换成geneid这步可能会有一点问题。
2. 直接采用metascape网站,一步完成geneid转化和富集分析两个步骤
挺好的网站,还能可视化。爱了爱了。