历史南红玛瑙的应用历史悠久，在出土的战国贵族墓葬中已经有南红玛瑙的串饰了，如云南博物馆馆藏有古滇国时期的出土南红饰品，北京故宫博物院馆藏的清代南红玛瑙凤首杯更是精美，是研究南红玛瑙制品、南红玛瑙雕刻件等，宫廷碾玉的实物资料，具有非常重要的历史、艺术价值，被定为国家一级文物。从这些馆藏作品可以看出，历朝历代对南红都非常重视，同时也是很稀少的珍贵材料。
从这些馆藏作品中不难看出，作为稀少珍贵的宝玉石材料，历代南红玛瑙精品都被统治者所珍视，尤其至清代达到顶峰。随着四川凉山地区高品质南红玛瑙矿的发现，收藏级别的南红玛瑙作品又重新回到收藏界，也重新掀起了南红玛瑙收藏的热潮，吸引了众多藏家的关注。
我们迄今所知古滇国后最早的南红珠就是扁圆南红多棱珠，而实际上，这种南瓜形制最早见于古埃及，在我国的历史也起码可以追溯到战国，并且这种形制在明清的琉璃珠中也不少见。时间跨度长达2000余年。剩下的历史几乎就是每个南红爱好者耳熟能详的了，南红作为深海红珊瑚的替代品正式走上藏区的舞台。
由于藏区使用的红珊瑚全部为所谓倒枝珊瑚，只产于日本海峡和台湾海峡，贸易的相对困难和本身珊瑚材质的珍贵决定了红珊瑚只是属于藏区高层的奢侈品，而广大的藏民也同样需要这些红色的寄托，于是南红真正的以批量产品的形式登上历史舞台，成为众多信徒的随身配饰。这种情况至早结束于清晚期，伴随着我们通常认为清晚期南红矿藏的枯竭，南红珠子的制作才基本告结束。
