汴河东河湾军粮仓十万石军粮凭空消失；酒肆里京城军器监工匠众目睽睽之下灰飞烟灭；形似黑狗的食儿魔劫走三百多个幼儿；金明池，御驾亲临，池面上忽然冒出数百个黑色骷髅，又迅速化作黑烟消散，整个京城异事不断，妖气森森。“斗绝”梁兴以兵法为指导思想，破获连环案件，还京城一个朗朗乾坤。
本书内容大致是梁兴为了替义兄楚澜报仇，误杀仇人蒋净介入所有案子。这个误杀就有的说了，先是被人陷害不小心捅死了蒋净，而后发现捅死的人不是蒋净。梁兴继续追查假蒋净的线索，竟然遭人暗杀。经过假死脱身后，梁兴躲于暗处探查假蒋净的线索。后来梁兴通过楚家兄弟双双毙命发现了楚家与双杨仓之间的联系，终于抓住了整个案件的线头，结合妖、魔、鬼、怪四篇中丁豆娘、游大奇、蒋冲、曾小羊、洪山等人探查的线索推理出了整个案件始末，破坏了摩尼教的阴谋。
本书的推理性其实不及前两部，故事性却胜于前两部。本书中人物各自登场，各有各的故事生活，不再单以查案的角度描写各人故事。以故事情节发展将各线索总合到一起，而不是以线索引出故事，回归故事本身，使本书故事性大大增强。人物不再似前两部那般脸谱化，各人的经历更加精彩，人物的成长变化更加自然，人心细微处写的十分精彩，如雷炮升禁军后，再听厢军付九喊自己炮哥的不是滋味；窦猴儿的突然硬气；还有石守威最后的坦诚，都将人心变化刻画的十分传神。
虽说本书是以梁兴为主角，但是书中还有几人戏份不输梁兴。第一是蒋冲，他是为表哥蒋净来到京城，我觉得蒋冲才是《清明上河图密码3》中最强的侦探。他仅靠自己一人，查清了蒋净和楚澜的恩怨情仇。第二是丁豆娘，她在第二篇魔篇出场，丁豆娘满京城寻子的故事越来越吸引人，展现母爱的伟大令人感动。读到后来我都不愿看梁兴出场，只盼着丁豆娘早些寻到儿子。
梁兴的戏份都在展现他怎么灵活运用兵法和不同对手斗智斗勇了，查案部分反而没那么精彩。梁兴推理能力不低，他能将杂乱的线索一一串起来。只是梁兴查案的本领就有待提高了，既然所有的起因都从楚澜之死开始，梁兴就该从楚家一点一点找线索。可他和无头苍蝇一般，找不着方向。这也不能全怪梁兴，因为这里的戏份是蒋冲的。
本书里还是有一些不值得仔细推敲的地方。如三百多个丢了孩子的母亲为寻儿查案，三百多个男人在作案，这三百多妇人和三百多男子还都是夫妻，这样的混乱状态竟然可以维持数月之久。丈夫们坐以待毙，乖乖听命作案，妇人们都没有半点察觉自己丈夫不寻常吗？所以暂时将你眼睛闭了起来？
