在上文中，我们尝试模仿绘制文献中的Figure 2a，所选文献为J. Med. Chem. 2016, 59, 4087−4102，本文将尝试绘制Figure 2b，原图如下所示：
image
本例中使用的PDB code: 3kwf
首先加载大分子：
fetch 3kwf
bg white
接着创建新对象，在视图窗口右下角点击S按钮，顶部将显示蛋白质的序列，箭头所指位置为A链中的配体，其代号为B1Q。
image
create lig, /3kwf/E/A/1
create residues, (3kwf and (chain A in resi 630+631+659+666))
单独显示我们的研究对象：
hide everything
show sticks, lig
show sticks, residues
set_bond stick_radius, 0.14, residues
然后修改配体颜色，使其按元素显示。
image
按住control键，并用鼠标中键选择两个原子，然后松开control，使用鼠标左键选择氨基酸残基。完成后如图所示，残基被保存在(sele)中，原子被保存在(pkset)中。
image
接着测量pkset与sele的距离，将距离小于4埃的显示出来：
distance nonbonded, pkset, sele, 4, 0
color magenta, nonbonded
然后在下图区域任意位置单击鼠标左键，将鼠标模式更改为Editing模式：
image
按住control键，用鼠标左键将虚线上的距离移开。在上方菜单栏中点击Setting -> Edit All，在dash_radius中输入0.07，按回车键确认。
image
最后设定好视角，就可以输出了。
set_view (\
0.507353544, 0.469124675, 0.722847939,\
0.366444945, -0.876655817, 0.311746955,\
0.779944181, 0.106718525, -0.616688907,\
0.000415023, 0.000164665, -94.643707275,\
20.837306976, 37.008846283, 57.467098236,\
-251.000549316, 106.750518799, -20.000000000 )
draw 1200,800
png Figure2.png
image
