基因家族扩增与收缩(2)

使用cafe软件,和orthofinder聚类结果进行基因家族扩增与收缩分析。

在这里我们已经

cafe cafe.script

得到了四个结果文件
summary_pub.txt
out.summary_node.txt
out.summary_fams.txt
out.summary_anc.txt

进行以下步骤操作:

1. 得到特定物种的扩增基因家族ID

2. 比对orthofinder聚类结果里/Orthogroups/Orthogroups.tsv得到基因家族的具体基因信息

cut -f 1,2 Orthogroups.tsv | less -S  > Achi.fam
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