使用cafe软件,和orthofinder聚类结果进行基因家族扩增与收缩分析。
在这里我们已经
cafe cafe.script
得到了四个结果文件
summary_pub.txt
out.summary_node.txt
out.summary_fams.txt
out.summary_anc.txt
进行以下步骤操作:
1. 得到特定物种的扩增基因家族ID
2. 比对orthofinder聚类结果里/Orthogroups/Orthogroups.tsv得到基因家族的具体基因信息
cut -f 1,2 Orthogroups.tsv | less -S > Achi.fam