phylosuite提取叶绿体蛋白编码基因构建Ml树

1.利用phylosuite软件根据NCBI号提取genbank格式的序列文件

file--input file...or ID(s) ---在input by IDs 处粘贴NCBI号--start

提取

2.根据GB文件提取叶绿体基因组中的基因

file -- Extract G...Bank file--选择choroplast--start

提取

结果会出现一些比如gene1和gene1_copy2等，需要手动删除，最后因该是79个PCGs基因。

3.mafft比对

Algnment--选择Codon和PCGs--11套密码子表--start

比对

4.利用trimal裁剪一下

Alignment---trimAL--start

序列修剪

5.串连序列

Alignment--concatenate Sequence--satart

串联

串联序列

完成之后随便打开一个结果看一看串连的结果.

6.选择模型

Phylogeny--PartitionFinder--command line options(如果要用raxml方法的话)--raxml--greedy（快）--start

模型选择

7.利用iqtree构建Ml树

iqtree

8.利用figtree查看tree文件

结果