2019-02-19

R语言学习笔记-R包安装

      by cici

R语言是一个开放性的统计学语言,r包的丰富程度涵盖了几乎生产和生活的各个方面,r包与r包之间错综复杂的依赖关系也足以限制人们的想象力。并且R package的数据源(CRAN/Bioconductor/github)与维护人员不同,R包安装并无统一的标准,造成安装产生的错误花样百出,这使得大批的R语言爱好者死在了安装R包的路上,本人在R语言的学习过程中总结了一些R包安装的tips,希望对大家有帮助:

我的安装思路如下:

1、得到所需要安装的R包名(代码运行提示、教程、说明书提供等);

2、分析R包属于哪个数据源

3、针对对应数据源进行下载(熟记以下安装脚本)

###CRAN􀀃
install.packages()
###Biocductor 
BiocManager::install()
###Github
devools::install_github()

4、当你成功安装R package但无法正确运行程序时别忘了library(’R package'),如果还不行,尝试update依赖的R包

常见错误处理:

1、R 包下载速度过慢或根本无法完成下载

  • 更换镜像,国内镜像不一定是最快的
  • 更换更快的网络,手机的热点有时比光纤要好
  • 更换ISP(电信/联通/移动/教育网等)
  • 使用代理
  • 更换下载时间
  • 求助别人下载后在进行本地安装
  • 以上几种方式排列组合并不断尝试

2、如显示R package is not availble to R version xxxx.或者require 更高版本的R,这时需要重新下载对应版本的R或者去github搜索合适的版本的R package安装

3、学会使用Tab键,在键入R语言命令时用Tab+上下键选择,R命令返回缺失的R包时尽量用copy和paste操作,最大限度减少人为因素造成的错误。

4、中文字符与大小写问题,R语言无法识别中文字符,如引用R包的“”,输入代码时应该确保输入法处于英文状态;

5、求助Google与度娘。

以上几步应该能够解决大部分的问题,如果很不幸在走投无路的时候(已排除任何人为因素造成的错误),我会这样做(仅供参考):

  • 重启R(常常会有效)
  • 重启电脑
  • 重装R
  • 更换操作系统
  • 更换电脑
  • 某些少见的r可能从镜像删除需要联系r包的作者获得
  • try more.

最后感谢,jimmy的生信技能树团队、jimmy、孙小洁,慧美等老师的悉心指导和鼓励!

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