MAPQ 一定是255吗?

不一定,不同开发者的定义不同。

早上爬楼看到这个问题:

各位有个基础问题我不是很明白,SAM文件中的MAPQ map质量等于255究竟是什么意思,网上查了好多,包括官网的解释都是not available,但是像STAR这种软件给出的却是unique map,那么not available和unique map之间有什么关系吗?还是每个软件对MAPQ数值的定义本身就不同?

我们知道,在cellranger中:

MAPQ adjustment
For reads that align to a single exonic locus but also align to 1 or more non-exonic loci, the exonic locus is prioritized and the read is considered to be confidently mapped to the exonic locus with MAPQ 255.

于是,一顿搜索操作,整理成ppt:


https://support.10xgenomics.com/single-cell-gene-expression/software/pipelines/latest/algorithms/overview
http://www.acgt.me/blog/2014/12/16/understanding-mapq-scores-in-sam-files-does-37-42
https://www.biostars.org/p/178387/
https://www.biostars.org/p/372666/

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