“ 箱线图是利用数据的五个统计量，最小值，第一四分位数，中位数，第三四分位数，最大值来描述数据的一种方法，一般来说都是用于几个数据组之间的比较。”
上一篇文章中，我们讲解了关于使用qplot绘制折线图和散点折线图的操作
漂亮的折线图
onlybugs，公众号：轻松玩转生信可视化系列4 | 快速绘图qplot3-折线图
今天，我们就要绘制一种更加常用，而且也究极实用的图表了，他就是箱线图。相信大家对这箱线图早有耳闻，但是绘制的可能都不是很理想。而今天绘制的仍旧不是我们能做到的终极效果，顶多说是普通效果罢了，后面使用ggplot配合scale系列函数，以及各种其它的geom函数，我们能获得更复杂的箱线图或者箱线提琴散点图等等。
绘制基本箱线图
在画图之前我们先加载画图的包，然后复制一份数据到当前环境中，
library(ggplot2)
df <- ToothGrowth
ToothGrowth是一组关于牙齿生长的数据集，你可以用它来类比联想你正在使用的数据集，其实大同小异的。TG这组数据集中一共具有60个观测，每个观测都是对豚鼠牙齿的生长进行的测量。每一个观测通过喂食OJ和VC两种维生素，每种维生素具有三种不同的剂量，由此来进行分析是否对其牙齿的生长产生了影响。
画图之前，我们再看看我们的各列都是什么样子的吧
> str(df)
'data.frame': 60 obs. of 3 variables:
$ len : num 4.2 11.5 7.3 5.8 6.4 10 11.2 11.2 5.2 7 ...
$ supp: Factor w/ 2 levels "OJ","VC": 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 ...
$ dose: num 0.5 0.5 0.5 0.5 0.5 0.5 0.5 0.5 0.5 0.5 ...
这里我们的len就是牙齿的长度，supp就是服用的药物类型，然后dose是服用的剂量。其中，len和dose是数值类型，而supp是因子类型，为了方便，我们后续可能会对dose类型转化，变成因子类型。
下面开始最简单的箱线图吧，我们画个不太合理的东西，看看不同的药物作用之间是不是有显著的差异
qplot(data = df,
x = supp,y = len,
geom = 'boxplot')
这个图其实是不太合适的，这里就是给大家展示一下，因为不同剂量效应的都混在一起，但是还是能整体看出OJ的效果更优一些。这里就是最简单的箱线图了，我们只需要指定geom='boxplot'即可。
分组箱线图
接下来我们要来绘制分组箱线图，这能更好的展示我们的数据，而且也更符合我们目前的需求。
这里的qplot有些问题，作者也没找到具体原因，按理说如下代码的结果应该是相同的，结果qplot却犯了撒，个人推测是由于qplot的内置机制有关，有些参数传递不过去，导致无法分组
qplot(data = df,
x = factor(dose),y = len,
group = supp,fill = supp,
geom = 'boxplot')
ggplot(df,aes(x = factor(dose),y=len,fill=supp)) +
geom_boxplot()
那这里就使用ggplot来进行讲解吧，反正也大差不差了，这里的data是指定数据，然后x和y是指定我们画图的x和y轴都是什么。这里要注意，我们的x一定要转化为factor类型，不然会出问题。然后使用不同的药物进行填充颜色，就得到了下面的图片
这就是我们非常常见的分组箱子图了，大家应该经常会见到类似的。我们这里明显能看出OJ的效果更好，而剂量到达2的时候则接近相似。
一些基本可调参数
最后讲讲箱线图可以调节的参数吧。这里也是讲解最基本参数，不做配色映射修改以及分面操作。
对于一个箱子图来说，我们能看到fill，也就是填充颜色参数，然后箱子具有边缘，那也就是说它也具有和线有关的参数，比如线颜色以及粗细等等。
ggplot(df,aes(x = factor(dose),y=len,fill=supp)) +
geom_boxplot(size = 1,
color = 'red')
这里我们就是修改了箱子的线条粗细以及箱子的线条颜色。由于我把配色选的太丑了，所以看着更难看死了。。。。大家知道参数咋回事就好。
下面一组参数是关于箱子的宽度，我们都知道箱线图的长是有自己的数学含义的，即极值和四分位数，但是宽度可没有定义，所以我们这里可以使用width参数对宽度进行修改。
ggplot(df,aes(x = factor(dose),y=len,fill=supp)) +
geom_boxplot(width = 0.5)
！！宽度参数需要在0-1之间，不要忘记了，大于1将会导致你无法处理的情况！！
关于箱线图的第一节就学这么多吧，后面完全讲解的时候会把这一期内容贴上去，然后讲解箱子提琴图以及notch参数，颜色映射修改，分面以及修改两个箱子之间的距离等等比较麻烦的东西。
下一篇文章的内容是关于使用qplot绘制提琴图，使用数据集应该是不会发生变化，和今天的数据集一样。
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