VennDetail包|绘制Venn和Upset图

准备阶段

安装VennDetail包，首先需要安装BiocManager包

if (!require("BiocManager", quietly = TRUE))#确认是否有该包，安装BiocManager包

  install.packages("BiocManager")

BiocManager::install(version = "3.18")#有Biochemistry包，但是运行时显示是版本问题，用该代码更新版本

library(BiocManager)

BiocManager::install('VennDetail',force = T)#安装VennDetail包

library(tidyverse)#后面的%>%要用

library(VennDetail)

读表处理表格数据

df <- read.delim("D:/agraduate/1plot/venn/BPG.txt",header = T,row.names = 1) %>%

  data.frame() %>% as.list() # 读表并且将表格置换为list格式，我用的是属水平的绝对丰度表的均值

df的list文件

venn <- venndetail(df)

detail(venn)

head(result(venn))

head(result(venn, wide = TRUE))

head(getSet(venn, subset = c("Shared", "SK_FC_FK")))#跟着计算就可以了，后面的引号里面需要改成你的处理名

最后的结果

绘图

plot(venn, type = "venn", #默认type

    col = "white", percentage = TRUE,show.number = TRUE,

    mycol = c("#00AAFF","#0000ee","#ff5500","#ffaa00"),

    cat.cex = 2.5, #处理名的大小

    alpha = 1, #透明度

    cex = 2) # Venn图中数字的大小

Venn图中的参数我改了一下，但是都不显示结果，应该是能力还不行

plot(venn, type = "vennpie")#绘制饼图，直接抄的答案，没有一丝丝修改，需要的话看起来更方便一点

dplot(venn, order = TRUE, textsize = 4) 

plot(venn, type = "upset", sets.x.label = "Number of sample",

    mycol = c("#ffaa00","#0000ee","#ff5500","#00AAFF"),

    cat.cex = 3,cex = 3) #绘制Upset图，我尝试过了，我改不了他的顺序，我这里只能呈现这样的结果

全部的绘图流程和结果，能力有限，要是有人可以修改Upset的顺序，或者在Venn中添加百分比，记得踢我一脚