刘小泽写于18.10.13
这是我第一次使用这个工具，之前下载过但并不知道怎么用，只是出于对强大工具的好奇。但这次必须要用到了，前面做了WGCNA，得到了一些hub genes，那么就要对这些基因进行网络可视化。哪来的自信让自己去学习一个陌生的工具呢？是美感！我们都是视觉动物，一旦被它的强大所征服，什么英文文档，什么操作流程，都不再是我们的羁绊而是牵引力。并且一定要相信，工具做出来一定不难使用，否则作者都对不起他自己的劳动，只是偶尔我们需要和作者进行心灵的沟通。
May the force be with you！
Cytoscape是什么
它诞生于2003年，旨在为用户提供开源的网络可视化的工具。现在研究单一因素已经不能说服别人了，需要多个实验、多个组学共同表明，比如研究基因共表达、miRNA-gene互作、蛋白互作、菌落互作、靶向调控等。引用量惊人1W+
得到它
下载地址：https://cytoscape.org/download.html，需要Java8（再高的版本就不支持了）没有的话也不用担心，安装程序会自动帮你下载。软件最大的特色就是支持多种插件（就像chrome为什么好用，就是因为插件齐全）；缺点就是比较消耗内存。
初次见面
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Menus：菜单栏（常用的几个介绍）
View：显示或者隐藏上图的几大板块
Select：支持快速选择相邻的所有节点、线
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Layout：多种网络形态供选择；还可以在Node Layout tools中对网络进行旋转(rotate)、拉伸(scale)；对线(edge)弯曲；恢复成原始面貌(Apply Preferred Layout)
scale选项可以避免太多的节点凑在一起，可以让它们分散一下
edge选项实现的线弯曲，有时可以让图更美观 App：这一个是软件的重点
Toolbar：工具栏（许多的快捷操作）
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Network Search：主要的参数调整区域
- Network、 Select
- Style：设置包括三部分：node，edge，network
NetworkView Window：看图区
Table Panel：显示节点Node、线Edge、网络Network的属性
还有右下角的内存检测（红黄绿三种颜色，绿色表示内存充足）
敬个礼握握手
相关知识
- 节点node：相互作用的分子如基因、蛋白等；
- 线/边edeg：连接两个节点，表示其相互作用；
- 度degree：与某个节点相互作用的节点数量，度越大，节点的核心程度越高；因此如果一个基因分布的通路较多，那么它的度就大，显示的点就大
先来一个简单的流程，获得点成就感再说
加载数据
输入的node文件和edge文件都是矩阵格式，一般txt格式（除非excel才用xls）
Node设置
颜色，形状，宽，高，以及结点标签
node选择
- 注意右下方的Table panel，默认是显示所有的nodes。按住
shift然后拖动鼠标可以一次多选许多nodes，同时table panel中的数量也随着你的选择而改变 - 另外，可以直接在Table panel中选择，然后右键
Select nodes from selected rows
直接在Table panel中选择nodes
node填充色
- 选择
control panel的style，默认进入node的属性设置 -
找到Fill color，点击右侧小黑箭头，会有一个下拉菜单，根据node文件的col列进行设置
设置颜色
node形状、大小
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找到shape，根据node文件shape列进行设置
设置形状大小 高度(Height)、宽度(Width)、字体大小(Lable font size)都可以设置；另外可以直接用鼠标滚轮放大缩小图片
其他设置
更多的设置在
Properties的旁边小三角中，点击展开，可以添加更多的个性化设置Properties下面三个单词：Def表示默认设置；Map表示全局设置；Byp表示个性化设置
另外可以设置node的排版，在
Layout中有许多样式，比如设置一个Circular Layout就是圆形图显示nodes-
如果发现有的node排列太紧凑，可以用
Layout=》Node Layout Tools进行整体拉伸缩放、旋转等 ；还能设置nodes的排列方式（排列Align、分布Distribution、堆叠Stack）设置排列
一般不同class的基因放在一起，用同心圆的圆圈一层层排列，组成一个gene family，然后不同的family再直线连接成super gene family。有的时候我们关注一个family内部不同class的不同，就可能会将同一个class中的基因变小；如果关注一个class中的基因，那么就可以适当调大基因的node大小；另外：一个class中基因间的连线除了美观，没有别的作用（不要认为是相关性的连线）
node还能设置边缘框框，可以在其中加图片，加统计图
edge设置
主要包括color和width
- 点击左下角的Edge，可以设置属性
-
在Style下方有一个长条的选项栏，可以选择许多样式的edge
多种样式选择
保存文件
图像一般选择pdf，整个数据集session保存为cys
18.10.13 今晚就学了这些，先说这么多🤔
当然还会继续学习
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