故事从1991年开始，信奉“一将功成万骨枯”的三合会大哥韩琛，为了自己的黑道事业长长久久，派刘建明（刘德华饰壮年，陈冠希饰青年）进入警校“深造”，成为自己安插在警方的一名卧底。巧的是，此时警方的领导黄志诚也在酝酿自己的卧底计划，将一名警校“差等生”陈永仁（梁朝伟饰壮年，余文乐饰青年）成功“退学”，以古惑仔的身份打入三合会内部，成为警方在三合会的眼线，而陈永仁和刘建明是同一批受训的，换句话讲，这两个黑白生死对头，实际上是同学的关系。
能成为卧底，证明二人在各方面的素质都是极其优秀的，也因此，二人在各自领域的发展都极为顺利，刘建明一路步步高升，快速进入刑事情报科A队，陈永仁也先后跟过两三个老大，成为资深古惑仔，最终成为韩琛手下一员得力干将。如果正常发展，这两位同学也许只能互相为自己一方的老大提供情报，做做重要贡献罢了，但是一场毒品交易打破了这种平静，由于刘建明的重要情报，致使韩琛的手下傻强等快速将交易毒品丢入茫茫大海，警方没有实物证据而不得不把傻强等几人认定为在海边吹风，韩琛这边也依据法律到警局吃了个便饭，在损失几千万的情况下，对黄志诚恶狠狠留下一句“你见过有人去殡仪馆跟死尸握手吗？”后，气冲冲离开。
真正的故事由此开始，两个内鬼分别和自己的老大制定了“抓鬼计划”，经过激烈的争斗，最终两人在天台相见，留下那个在香港影史乃至于华语影史经典的桥段。
刘建明：我以前没得选择，现在我想做一个好人。
陈永仁：好，跟法官说，看他让不让你做好人。
刘建明：那就是要我死。
陈永仁：对不起，我是警察。
刘建明：谁知道。
诡异而深邃的背景音乐响起，陈永仁拔枪指向刘建明眉心，镜头忽而拉远，高楼林立的香港，维多利亚港海面平静而美丽，船只往来通行，蓝天白云之下，光天化日之下，正邪对立，杀机四伏。
除了这段戏之外，梁朝伟精湛的演技和眼神，以及“明明说好三年，三年之后又三年，三年之后又三年，都快十年了老大"、“如果一个人在做一件事情的时候很不专心的看着另外一个人，他就是警察”、“我只想做个普通人。你没做过卧底，你不懂”等精彩台词，黄志诚坠楼那场戏甚至为那场戏所配的背景音乐《再见...警察》都一起成为了经典。
刘建明的真心悔过与每天的煎熬，陈永仁的正义坚守与每天的期盼，正义与邪恶，好人与坏人，别人面前的自己与自己内心的自己，理想与现实，爱情与牺牲，都是这部电影所反映的主题，正如电影开头那句佛经所言，“受身无间者永生不死，寿长乃无间地狱之大劫。”电影里的卧底们每时每刻不在受到这样的“大劫”，这些关于灵魂和正义的拷问，也让每一位观众深受触动，好电影无需多言，好电影自有力量。
更让影迷开心骄傲的是，这部港产巅峰警匪片《无间道》被好莱坞相中，买去版权翻拍成《无间行者》。影片获得第79届奥斯卡最佳导演、最佳改编剧本、最佳剪辑、最佳影片4项大奖。话说回来，这么好的影片，看五遍，也有点少了吧！
